La construction de la ligne à voie unique qui relie Andelot-en-Montagne (Jura) à La Cluse (Ain) s'est étalée sur une cinquantaine d'années, de 1865 à 1912. Une si longue durée traduit les doutes existants quant à la rentabilité de cette ligne mais aussi les difficultés dues à la topographie, notamment dans la région de Morez et Saint-Claude. La multiplication des ouvrages d'art fait de cette voie ferrée un ensemble remarquable, ce dont le service de l'Inventaire est depuis longtemps conscient. Il est présent dans cette zone depuis le début des années 1990, avec le Repérage du Patrimoine industriel puis l'étude de son patrimoine rural. Cette dernière opération est menée en partenariat avec le Parc naturel régional du Haut Jura qui, de son côté, propose en 1989 des circuits de découverte associant train et vélo entre Morbier et Saint-Claude, circuits repris par la suite par le Centre permanent d'Initiation à l'Environnement (CPIE) du Haut Jura. Toutefois, souhaitant rendre compte de la ligne dans son entier, l'Inventaire ne débute son étude qu'en 2004. L'époque est favorable : l'année précédente, le conseil régional de Franche-Comté, investi de la responsabilité des transports collectifs d'intérêt régional par diverses lois en 1982, 1995 et 2000, avait demandé au Parc d'établir un programme de mise en valeur de la ligne pour la période 2003-2006, programme auquel se joint en 2005 le Commissariat à l'Aménagement du Massif du Jura (service de la DATAR) puis le Conseil général du Jura l'année suivante. De leur côté, les Offices du Tourisme de Dole et de Saint-Claude élaborent à cette époque, avec la SNCF, un produit commercial associant visite commentée de la ligne et visite guidée de l'une ou l'autre des deux villes. La SNCF réutilise d'ailleurs l'appellation " Ligne des Hirondelles ", surnom donné par les hauts jurassiens à la partie de la voie comprise entre Morbier et Saint-Claude, qu'elle transforme en marque déposée en l'appliquant à l'ensemble du parcours Dole - Saint-Claude.

L'étude de l'Inventaire s'insère donc dans cet ensemble d'initiatives. Elle est menée en partenariat avec la SNCF, notamment les services en charge de l'entretien de la ligne et de ses ouvrages (EVEN Franche-Comté : Unité Ouvrages d'Art, à Besançon, et Unité Voie Frasne, à Saint-Claude ; EVEN Ain - Haute-Savoie : Unité Voie, Bourg-en-Bresse). Les règles de sécurité exigeant que l'on soit accompagné par un agent habilité dès que l'on pénètre dans l'emprise de la société, la campagne photographique sur les ouvrages d'art a essentiellement été concentrée sur 7 jours, en 2004 et 2005 ; la prise en compte des bâtiments (gares, maisons de garde-barrière, etc.) n'a pas été soumise aux mêmes conditions. Les sources ont été consultées dans trois services d'archives publiques (Archives départementales du Jura et de l'Ain, Archives municipales de Saint-Claude) et au sein des archives vivantes de l'Unité Voie Frasne, en gare de Saint-Claude. 127 dossiers ont été rédigés, dont un certain nombre associe plusieurs ouvrages que leur proximité rend dépendants. Ils sont répartis entre les quatre sections que l'histoire de la ligne individualise : Andelot - Champagnole (1865-1867) , Champagnole - Morez (1881-1900) , Morez Saint-Claude (1905-1912) et Saint-Claude - La Cluse (1881-1889). L'architecture, essentiellement sérielle, fait la part belle aux plans type du concessionnaire de la ligne (la compagnie du Paris - Lyon - Méditerranée ou PLM) mais les oeuvres uniques ne manquent pas pour autant, tunnels (dont ceux de la Savine et des Frasses) et viaducs (dont celui de Morez, dû à l'ingénieur Paul Séjourné) notamment. Achevée début 2008, l'étude a donné lieu à la publication en juillet de la même année d'un ouvrage dans la collection des " Parcours du Patrimoine ".