Etat des ouvrages d’'art hydrauliques en 1860 : 77 aqueducs, 34 prises d’'eau principalement dans l’'Ouche et dans l’'Armançon, 22 déchargeoirs (Rapport Ecole nationale des ponts et chaussées, fonds ancien).

Dans son rapport du 22 décembre 1911 (ENPC), l'’ingénieur en chef Galliot distingue plusieurs sections relatives à l’'alimentation en eau du canal : 1- La section parallèle à l'’Armançon, de La Roche à Rougemont sur 94 kms. Galliot y voit une sorte de canal latéral. L’'alimentation est issue des prises d’'eau dans la rivière et du réservoir de Pont-et-Massène. 2- La section de Rougemont à Pouilly, sur 64 kms. Les ruisseaux voisins alimentent peu le canal. L'’importance des réservoirs (Cercey, Panthier, Grosbois, Chazilly, Tillot) dans la région du bief de partage n’'en est que plus accrue. 3- La section du versant Saône alimentée par des prises d’'eau dans l’'Ouche.

Durant toute la phase commerciale du canal, le manque d’'eau est une préoccupation constante pour les autorités et les ingénieurs. Le 15 juin 1905, l’'enfoncement des bateaux est ainsi limité pour diminuer la consommation et les pertes d’'eau. L’'eau manquant surtout dans la partie supérieure du canal, les constructions et les projets d’'amélioration se multiplient au tournant du 20e siècle. Le contre-réservoir de Grosbois est ainsi construit et une prise d’'eau dans la Saône est mise en place en 1897 pour alimenter les trois derniers biefs du versant Saône (le canal y est alors très perméable). Une décision ministérielle du 3 juillet 1913 permet la construction d’'une usine hydro-électrique alimentant des pompes électriques remontant l’'eau de la Saône au niveau des biefs. Une rigole de jonction entre le bief de partage et le réservoir de Panthier est enfin construite afin de recueillir les eaux du canal excédentaires en hiver.