D'importants travaux sont effectués à l'église de Losne du début du 19e siècle : en 1819 "la construction d'une sacristie et la couverture de l'église", et en 1827 "le rallongement de l'église de cette commune [par la nef et au delà de l'ancien choeur qui sera démoli], la restauration du sanctuaire de l'autel, de deux chapelles et une sacristie" d'après le devis dressé par Toussaint Pignant, arpenteur-géomètre à Saint-Jean-de-Losne. Mais des réparations intérieures sont nécessaires en 1840-1841 : l'escalier menant au clocher, l'enduit des murs, le pavement, partie en dalles et partie en carreaux de terre, et le plafond, en trop mauvais état, doivent être refaits, et il faut en outre fournir des fonts baptismaux, dont l'église était dépourvue, et un confessionnal. Exécutés par Plastre, entrepreneur à Beaune, ces travaux étaient reçus à titre provisoire en 1842 et 1843 et définitivement en 1846. Puis, en 1869, l'église est encore agrandie vers l'Ouest avec la construction d'un nouveau porche et d'un nouveau clocher, d'après le projet dressé le 20 décembre 1868 par Phal-Perron, architecte à Auxonne, tandis que les plafonds sont remplacés par "une voûte en bois plafonnée avec plancher au dessus pour circuler dans les combles" et que des ardoises sont substituées aux tuiles pour la couverture de l'ensemble de l'édifice. Ces ultimes travaux d'importance, exécutés par l'entrepreneur Maltet, furent reçus à titre provisoire en 1870 et à titre définitif en 1871 (Archives départementales de la Côte-d'Or).