Le développement de la commune de Saint-Jean-de-Losne est profondément lié à la Saône. Sur la rive opposée au village, l'abbaye Notre-Dame-de-Losne est fondée au 7e siècle et un pont de bois relie déjà les deux rives au 12e siècle (rencontre de Louis VII et de Frédéric Barbe-Rousse en 1162). Ce passage sur la rivière "connaît une grande prospérité lorsque la duchesse Alix de Bourgogne acquiert Salins et le monopole du sel qui transitait par Saint-Jean-de-Losne. Aussi fait-elle fortifier la ville et construire un château vers 1227" selon B. Sonnet.

Avec le rattachement de la Bourgogne à la France, la ville occupe un emplacement stratégique, la Saône matérialisant la frontière avec la Franche-Comté. L'échec du siège de la ville par Gallas (1584-1647) en 1636 est resté célèbre (monument de la Délibération) pendant la guerre de Trente Ans et le roi de France exempta alors la ville d'impôts. Le rattachement de la Franche-Comté à la France en 1674 mit fin à ce rôle militaire.

Depuis le 19e siècle, la commune, stratégiquement positionnée à la confluence entre la Saône, le canal de Bourgogne et le canal du Rhône au Rhin doit sa prospérité à la batellerie. Elle est un important port de tourisme fluvial en France.