La ville de Seurre s'étend sur la rive gauche de la rivière qui lui sert de limite communale à l'ouest. Elle se trouve au confluent de deux bras navigables de la Saône et deux îles ponctuent le lit de la rivière : l'île Boileau sur le bras du Châtelet et l'île aux Bœufs, face à la ville. Les cartes de la Saône dressées en 1864 indiquent la présence d'un barrage Saint-Nicolas (enrochements) entre l'île aux Boeufs et la rive droite de la Saône. Ce barrage fixe en enrochements a été exécuté en 1846 et a été consolidé en 1854 (3 S 9). Il condamnait le bras de rive droite, facilitant ainsi le maintien du chenal dans le bras navigable.

Si le site d'écluse à grand gabarit fermant la dérivation de Pagny-Seurre est bien situé sur le territoire de la commune, l'ancien site d'écluse de Seurre, en aval, dépend de Trugny, un peu plus au sud.

L'enceinte fortifiée de Seurre était bâtie en front de rivière ; l'ancien pont de Seurre faisant la jonction avec la rive opposée. Le tracé est encore lisible dans la disposition et le nom des rues. L'Atlas des routes donne un aperçu de l'urbanisation de la ville par rapport à la rivière dans la seconde moitié du 18e siècle. Sur ce document, l'ancien pont n'est matérialisé que par ses piles et un bac permet alors la jonction entre les deux rives. La route n°20 n'a plus de continuité à ce niveau. Ce document met aussi en évidence les infrastructures liées au bac. Un moulin se trouvait au milieu de la rivière, face au château et trois autres, liés aux îles, en aval de la ville.

En bordure de Saône, l'église Saint-Martin remonte à la fin du 13e siècle-début 14e siècle. De la rivière, on remarque son portail trilobé surmonté d'une grande rose et le clocher reconstruit au 18e siècle. La présence de la famille Bossuet à Seurre se traduit encore par la très belle demeure en brique qui abrite aujourd'hui le musée de la Saône et des gens de la Saône et qui fait partie des rares témoignages architecturaux du Moyen Âge que la ville ait conservés. L'habitat urbain possède quelques beaux exemples de maisons en brique et à pans-de-bois. Une grande majorité des constructions date du 18e siècle ; période de prospérité urbaine (maisons assez modestes). Seurre possède également un hôtel-Dieu et une apothicairerie fondé à la fin du 17è siècle.

L'aménagement des quais à gradins est lié à l'activité portuaire de la ville. Il est complété par des pontons modernes en bois et par un port de plaisance, établi juste en aval de la dérivation de Pagny-Seurre.