La Fédération des Associations agricoles du Doubs est créée le 15 juin 1912, date du dépôt de ses statuts en préfecture.

Elle naît, dans un milieu riche en initiatives en matière de collaboration et solidarité, de la volonté de quelques dirigeants d'associations qui se réunissent le 11 décembre 1911, dans leur local du 73 de la Grande Rue à Besançon, pour élaborer ces statuts. L'article 1 en est ainsi rédigé : " Il est formé, entre la Société départementale d'Agriculture du Doubs, le Syndicat des Fruitières et des Agriculteurs du Doubs, la Caisse régionale de Crédit agricole du Doubs, la Société de Crédit agricole de Besançon, la Caisse départementale de Réassurance mutuelle du Bétail du Doubs, l'Association générale des Syndicats d'Elevage, le Syndicat départemental de Vulgarisation du Crédit agricole du Doubs, la Caisse départementale d'Assurance chevaline et les autres associations constituées suivant les dispositions de la loi du 21 mars 1884, ou du 1er juillet 1901, qui ont adhéré ou adhèreront aux présents statuts, une Fédération régie par la loi du 1er juillet 1901, et le décret du 16 août 1901."

L'article 5 fixe son objet : " La Fédération a pour rôle principal de servir de trait d'union entre les Associations adhérentes en leur fournissant un personnel et des locaux nécessaires au but qu'elles poursuivent. " Et de détailler : " Elle sert de centre de relations entre ces Associations et leur procure les moyens et renseignements nécessaires pour l'étude et la défense des intérêts agricoles des membres des Sociétés fédérées [...] Elle met à la disposition de ceux-ci un bulletin agricole contenant toutes les communications que les Associations voudront porter à la connaissance de leurs adhérents [...] Elle donne les avis et conseils en matière contentieuse ou techniques pour lesquels elle peut être consultée par les Associations ou par leurs membres en particulier [...] Elle joue le rôle d'Office de renseignements agricoles et aide, en un mot, toutes les Associations à atteindre, aussi complètement que possible, le but visé par leurs statuts et par la loi ".

Chaque association adhérente, qui conserve son entière autonomie en matière de gestion et de fonctionnement, participe aux frais généraux de la fédération au prorata de l'importance de ses affaires de l'année et du travail qu'elle a demandé aux employés. L'administration est assurée par une assemblée générale, constituée par les membres des bureaux des diverses associations, et par un comité de direction, formé d'un président d'honneur (le président du Conseil général du Doubs), d'un président, de deux vice-présidents, d'un secrétaire général et d'un trésorier.

Le 14 décembre 1912, le professeur départemental d'agriculture B. Kohler, par ailleurs président de l'Union des Syndicats d'Elevage, pose la question (déjà évoquée en 1907) de la construction d' " un immeuble bien adapté à ses besoins dans les conditions les plus économiques possibles ".

La commission créée pour examiner la question réunit MM Schlumberger (" président du Syndicat de prêt-bétail "), Henri Michel (architecte), Alphonse Farines (directeur de l'Ecole de Laiterie de Mamirolle), Palmyr Cordier (directeur d'une compagnie d'assurances) et Eugène Rousset (professeur départemental d'agriculture, corps fondé par la loi du 15 juin 1879). Elle prend dès le lendemain contact avec la Ville pour acheter un terrain à l'arrière de l'école d'Helvétie, inaugurée en 1911. La vente, consentie par le conseil municipal dans sa séance du 20 janvier 1913 (l'acte sera signé le 2 décembre suivant), porte sur une parcelle de 14 ares à l'angle de la rue Delavelle et de l'avenue Denfert-Rochereau.

Dès la fin de 1912, la fédération avait sollicité du ministre de l'Agriculture, par l'entremise du président de la Société départementale d'Agriculture du Doubs (Elisée Cusenier), " l'intervention du Service des Améliorations agricoles dans le projet de construction d'un immeuble " et l'octroi d'une subvention. La demande, rappelée dans la réponse ministérielle en date du 5 février 1914, concerne la construction " I° d'un immeuble destiné à contenir les bureaux de cette fédération, ainsi que les appartements du Directeur et du Secrétaire ; 2° d'un entrepôt pour les marchandises et les machines agricoles ". Suivant les recommandations du Service des Améliorations rurales (né en 1903 et qui deviendra le Génie rural en 1918), le ministre écarte le premier bâtiment, dont les travaux " ne sauraient par leur nature rentrer dans la catégorie de ceux dont s'occupe normalement le Services des Améliorations agricoles ". Il donne son accord pour le second (pour un montant égal au sixième des dépenses, soit 11 333 F sur les 68 000 budgétés) : " l'entrepôt projeté sera utilisé pour les opérations du syndicat des agriculteurs du Doubs qui, par des achats de denrées alimentaires, d'engrais, de semences et des machines, favorise l'amélioration des cultures " (toutefois, l'acompte demandée par l'association début 1916 ne lui sera pas versé, les ingénieurs devant vérifier les travaux étant mobilisés ou affectés ailleurs).

Le projet est élaboré par l'architecte Alphonse Burcey, installé au 53 Grande Rue, à Besançon.

Les plans dressés en août et septembre 1913 figurent un premier immeuble, au long de la rue Delavelle, comprenant caves, chaufferie, buanderie, local d'archives et laboratoire au sous-sol, bureaux (dont un grand ouvert au public et doté d'une banque d'accueil), salle de réunions et conciergerie au rez-de-chaussée, deux appartements à l'étage carré, chambres, locaux d'archives et greniers à l'étage en surcroît. Deuxième bâtiment de l'autre côté de la cour : l'entrepôt de marchandises dont la partie centrale (sous-sol, rez-de-chaussée surélevé avec quai de chargement et comble) doit être encadrée côté avenue par un corps coiffé d'un toit à croupe (avec salle de réunions au rez-de-chaussée) et, à l'autre extrémité, par un second corps à étage carré, également doté d'une grande salle de réunion (que le plan daté du 18 septembre signale cependant comme ajournée). L'adjudication des travaux a lieu le 3 décembre 1913.

La première pierre de la future Maison de l'Agriculture est posée le 8 mars 1914 (avant un banquet de 650 couverts), en présence du ministre de l'Agriculture Maurice Raynaud et de celui du Travail Albert Métin. Raynaud déclare : " J'ai été surpris agréablement du nombre imposant de délégués de vos associations agricoles qui m'ont été présentés, il y a un instant, au Casino, et je suis heureux de l'insistance que mon collègue et ami Métin à mise pour m'inviter à assister à la fête des associations agricoles du Doubs. " Soulignant le rôle de précurseur de ces associations - " vous avez marché à la tête du progrès agricole et vous avez été les premiers à vous engager dans cette voie, lorsque vous écoutiez les conseils d'Oudet et de Viette dont on a évoqué tout à l'heure la mémoire " -, il ajoute : " Vous allez posséder bientôt la première maison de l'agriculture qui existera en France. Je vous en félicite. "

Le 2 avril 1914, Eugène Rousset, administrateur de la fédération (présidée par Victor Turbergue), demande l'autorisation de démarrer la construction. Celle-ci s'étale sur 1914 et 1915 (dates portées au-dessus de l'entrée principale avec l'inscription Maison de l'Agriculture) et la première réunion a lieu le 18 mars 1916.

Présidée par Ferdinand Decreuse, la Fédération des Associations agricoles du Doubs regroupe en 1923, directement ou indirectement, la plupart des 500 associations et mutuelles agricoles du département (soit 16 300 adhérents en 1925). Citons les principales : Société départementale d'Agriculture (créée le 18 avril 1799), Syndicat agricole départemental, Fédération des Fromageries et Producteurs de lait, Union des Syndicats d'Elevage (fondée le 12 mars 1903 sous le nom d'Association générale des Syndicats d'Elevage), caisse régionale (1904) et caisses locales de Crédit agricole (la première caisse locale de France est née le 23 février 1885 à Salins-les-Bains), caisses d'assurance diverses dont la Caisse départementale d'Assurance chevaline (fédération née en 1911), Syndicat d'Elevage porcin, Syndicat départemental d'Elevage du Cheval comtois (fondé en 1911 ou 1919 et tenant le stud-book de la race chevaline comtoise), Société du Herd-book de la race bovine montbéliarde (le herd-book a été créé le 2 décembre 1889), Syndicat départemental des Agriculteurs du Doubs et des Fruitières de Comté (fondé le 8 avril 1889, 7 000 adhérents en 1926), Société comtoise d'Apiculture (1889), comices agricoles, mutuelles incendie, etc.

Elle héberge aussi dans ses locaux la direction des Services agricoles du Doubs (direction départementale créée par la loi du 21 août 1912, avec pour objet : " vulgarisation des connaissances agricoles, enseignement agricole, service des intérêts économiques et sociaux de l'agriculture, mutualité agricole, statistique et ravitaillement, recherches diverses et direction des champs d'expérience et de démonstration "), l'Office agricole départemental (service issu de la loi du 6 janvier 1919, dont le rôle est " la recherche et l'application de toutes les méthodes susceptibles d'augmenter la production agricole, végétale ou animale "), la Société des Foires et Expositions (la première foire-exposition comtoise s'est tenue en 1922) et le siège du journal Le Cultivateur comtois.

Son secrétaire général François Thiébaud peut ainsi se féliciter en 1926 : " En résumé, en construisant la Maison de l'Agriculture, la Fédération a fait oeuvre éminemment utile ; elle a réussi à grouper, dans les mêmes locaux, au chef-lieu du département, les services administratifs agricoles départementaux avec toutes les associations agricoles permettant ainsi aux agriculteurs, qui le désirent, de se documenter auprès des professeurs sur tous les perfectionnements apportés aux méthodes de culture, sur l'emploi rationnel des engrais et des semences de toutes sortes, de contracter les assurances et réassurances pour leur bétail ou leurs chevaux, de bénéficier des bienfaits de la loi sur le crédit agricole, de placer leurs petites économies soit en compte courant à 4 fr. 25 %, à la Caisse régionale de crédit agricole ou en rente 4,50 % net d'impôts. Si nous ajoutons que les magasins du Syndicat départemental des Agriculteurs du Doubs et des Fruitières de Comté se trouvent également à la Maison de l'Agriculture, nous aurons démontré une fois de plus que les administrateurs anciens et actuels de la Fédération ont bien droit à quelques considération, eu égard aux services rendus à l'agriculture de la région toute entière et nous pourrons dire que les agriculteurs et viticulteurs franc-comtois doivent trouver à la Maison de l'Agriculture, rue Delavelle, 3, à Besançon, indépendamment des marchandises et outils de culture et de laiterie qui leur sont indispensables, tous les renseignements dont ils croiraient avoir besoin. "

Le 8 décembre 1920, souhaitant se développer, la fédération avait demandé à la mairie de lui céder une parcelle de terrain jouxtant son site, au sud.

La municipalité avait refusé, prévoyant d'aménager un jardin à cet endroit, mais elle abandonne finalement son projet en 1925. La fédération renouvelle immédiatement sa demande, à laquelle le maire Charles Siffert répond favorablement, désireux dans un esprit " de bonne politique vis-à-vis du Conseil Général auquel la Ville a souvent recours, de donner la préférence et toutes les facilités désirables à un service départemental ". La vente, qui a lieu le 17 juin 1927, moyennant 42 900 F, concerne une parcelle de terrain de 4,29 ares (cadastrée B 23 et 24) donnant rue Delavelle. Le maire résume le programme de la fédération, évalué à 300 000 F : " les projets consistent dans la démolition du hangar existant afin d'agrandir la cour pour dégager ses service. L'édification d'un important bâtiment comprenant au rez-de-chaussée un grand hall d'exposition de son matériel et de ses produits agricoles, au premier étage une salle de réunion qui pourrait, à l'occasion, être mise à la disposition des Sociétés locales pour des réunions, des conférences ou des concerts, enfin au deuxième étage les bureaux de la Société ". Le dessin annexé à la vente montre cependant un tout autre bâtiment, composé d'un corps principal de trois travées, avec un étage carré et un toit terrasse, et en retour au nord un corps de deux travées, en rez-de-chaussée.

Cette extension semble ne pas se réaliser tout de suite. Si l'ordre du jour d'une réunion le 15 juin 1932 concerne la " répartition des suppléments de dépenses occasionnées par l'agrandissement de l'immeuble ", une note manuscrite de Maurice Martin indique le 22 janvier 1934 : " On décide ajournement et modification permettant de construire seulement une salle de réunion, en prévoyant les dispositions en vue d'un agrandissement futur plus complet. On élargira le portail & réparera la barrière & supprimera la baraque Adrian. " Finalement, le projet de l'architecte Léon Tock (établi à Besançon au 41 rue des Granges), en date du 15 novembre 1934, figure une petite construction de 13 m sur 6, en rez-de-chaussée et coiffée d'un toit en appentis, ouverte en façade d'une porte et de deux fenêtres. Si elle a été réalisée, elle a vraisemblablement été implantée au sud-est, dans le prolongement de l'entrepôt.

Au tout début des années 1930, la Fédération des Associations agricoles du Doubs est réorganisée afin de se recentrer sur ses missions premières.

Le but de cette modification : lui redonner une autorité morale indépendamment de toute question financière et pour cela " regrouper en une Fédération toutes les associations agricoles du département en vue d'établir un lien purement moral entre ces associations et de donner plus de force aux revendications qui pourraient être présentées dans l'intérêt de l'agriculture du département tout entier ". La gestion des bâtiments est donc confiée à la société civile immobilière de la Maison de l'Agriculture, créée en janvier ou février 1930 par devant Me Krug (notaire à Besançon). Ses parts sont réparties entre neuf associations, dont les présidents semblent à l'origine de la réorganisation : Syndicat des Fruitières de Comté (Louis Jacquet, 211 parts en 1936), Caisse régionale de Crédit agricole mutuel (Léonel de Moustier, 160 parts), Caisse départementale d'Assurance chevaline (Maurice Martin, 90 parts), Caisse de Réassurance bovine (Perreau, 89 parts), Union des Syndicats d'Elevage (Netillard, 82 parts), la fédération elle-même (22 parts), Caisse locale du Crédit agricole de Besançon (21 parts), Syndicat départemental d'Elevage du Cheval comtois (14 parts) et Société départementale d'Agriculture (Pierre Baudouin-Bugnet, 11 parts).

Les statuts de la fédération sont modifiés le 7 juillet 1931. L'assemblée générale est remplacée par un nouveau comité de direction, formé d'un membre par association adhérente, comité qui désigne en son sein un bureau ayant la même composition que l'ancien (soit cinq personnes). Par ailleurs, la fédération est placée " sous le patronage de la Chambre d'Agriculture du Doubs ". Les chambres d'agriculture, créées par la loi du 3 janvier 1924, ont acquis une certaine réalité à partir de 1927 lorsque l'Etat les a dotées de ressources propres. Celle du Doubs, hébergée dans la Maison de l'Agriculture dès sa création effective, implantera en 1938 son siège au 1 bis de la rue Delavelle, dans la villa Carrel. 1929 a en outre vu la création d'une Chambre régionale d'Agriculture de Bourgogne et Franche-Comté, siégeant à Besançon.

Outre les associations déjà citées, les locaux accueillent toujours la Caisse mutuelle agricole d'Assurances sociales du Doubs (Léonel de Moustier), la Société du Herd-book de la Race bovine Montbéliarde (Louis Roy), le Syndicat des Producteurs français de Gruyère (Léon Perrot pour la section départementale), le Syndicat de Défense paysanne de l'arrondissement de Pontarlier (fondé en 1893), l'Union agricole comtoise, plusieurs comices agricoles, le Syndicat des Cultivateurs, l'Union des Syndicats agricoles du Doubs (Henri Lance), la Fédération départementale des Mutuelles Incendie (Gilbert Caron) et celle des Mutuelles Accident (André martin), la Caisse mutuelle d'Assurance Grêle (Louis Girard), la Coopérative de Stockage (Georges Roy), l'Union coopérative des Fromageries de Franche-Comté (Pierre Renahy), etc.

La loi sur la Corporation paysanne (dite " Charte paysanne ") promulguée le 2 décembre 1940 regroupe dans un syndicat unique l'ensemble des organismes et associations agricoles antérieurs. C'est cette loi qui entraîne la dissolution de la fédération, comme l'indique une note du 3 juillet 1942, date de sa dernière séance. Cette note rappelle aussi l'affectation - controversée - proposée par certains pour l'avoir de 10 000 F disponible : " Une souscription est ouverte pour offrir un chronomètre en or au Maréchal Pétain. Le président refuse de s'y associer pour la Fédération : on n'insiste pas."

Le 29 novembre 1954, la Société immobilière de la Maison de l'Agriculture cède à la Caisse régionale de Crédit agricole une parcelle de son terrain (pour laquelle la Ville renonce le 27 novembre 1954 à son droit de préemption). Cette cession permet à la Caisse de faire construire son siège (actuel n° 1 ter) en 1955.

Elle le délaissera une vingtaine d'années plus tard pour celui bâti en 1971-1972 de l'autre côté du Doubs (au 11 avenue Elisée Cusenier), sur des plans de l'architecte Dimitri Franchini. Elle vendra alors, le 18 décembre 1984, le bâtiment au Conseil général du Doubs, qui le mettra à la mi 1987 à disposition du Ministère de la Justice pour héberger le Conseil de Prud'hommes (organisme créé par la loi du 18 mars 1806), bientôt rejoint par la Tribunal de l'Application des Peines et le Service pénitentiaire d'Insertion et de Probation (tous deux ont quitté les lieux le 9 janvier 2014).

Au début de la décennie 1950, le site abrite donc, outre la Caisse régionale du Crédit agricole, les directions des Services agricoles et des Services vétérinaires, la Chambre d'Agriculture départementale, le Herd-book Montbéliard, l'Union des Syndicats d'Elevage, le Service de Contrôle laitier, le Syndicat du Cheval comtois, la Fédération des Groupements de Défense contre les Ennemis des Cultures, la Société départementale d'Agriculture, la Coopérative d'Approvisionnement du Syndicat des Fruitières et la Coopérative de Stockage des Céréales.

Les deux derniers organismes sont remplacés par la Coopérative agricole du Doubs - Coopadou -, créée le 7 décembre 1945 en application d’une ordonnance en date du 8 octobre précédent qui interdit aux syndicats agricoles de réaliser des opérations économiques, dorénavant réservées aux seules coopératives. Cette ordonnance entérine de fait la disparition de l’Union des Syndicats agricoles du Doubs (Usad), établie dans la Maison du Paysan au square Saint-Amour et qui, fondée le 13 août 1897, avait pour vocation de servir de centrale d’achat aux différents syndicats agricoles du département. L'Usad cède donc la place à la Coopadou, laquelle tient son assemblée générale constitutive le 28 février 1946 : elle regroupe alors 893 sociétaires et dispose d’un capital social de 1 582 900 F. Installée square Saint-Amour, elle a des magasins à Pontarlier, Saint-Hippolyte et Sancey et loue à l’Union des Coopératives Fromagères de Franche-Comté (UCFFC) un local à Besançon rue de la Raye. En 1949, elle regroupe 4 500 sociétaires, a un capital social de 3 200 000 F et dispose de nouveaux magasins à Mouthe, Maîche, Fertans, Quingey, Rougemont et Clerval. L’année suivante elle décide la construction à Avoudrey, en bordure de la voie ferrée, d’un site réunissant magasin central d’approvisionnement et centre de stockage des céréales. Conçu par le service du Génie rural, ce centre (de 2 200 m2) ouvre fin 1952 et nécessite de porter le capital social de 4 à 6 millions de francs.

Dans sa dynamique de développement, la Coopadou absorbe en 1955 la Coopérative de Stockage du Blé et d’Approvisionnement du Doubs (Costocap), qu’elle concurrence directement et qui vient d’être confrontée à plusieurs années de déficit. Celle-ci a été fondée en 1952 par la fusion du Syndicat des Fruitières de Comté et de la Société coopérative agricole de Stockage de Besançon. Le premier est issu du Syndicat départemental des Agriculteurs du Doubs et des Fruitières de Comté, né le 8 avril 1889 pour mettre à la disposition de ses adhérents les approvisionnements et fournitures nécessaires à leur exploitation : semences, engrais, produits de traitement, aliments pour le bétail, matériel). C’est ce syndicat qui gère dès son ouverture en 1915 l’entrepôt de la rue Delavelle, constituant son magasin central. Présidée par Georges Roy, la deuxième est née en 1934 en réaction à la chute des prix du blé consécutive à la crise de 1929. En 1939, elle a collecté près de 80 000 quintaux de blé auprès de 4 200 sociétaires puis, débutant en 1941 une activité d’approvisionnement, elle a ouvert en 1952 à Montrapon, quartier de Besançon, en bordure de la voie ferrée, un magasin important (son capital social étant à cette occasion porté de 300 000 à 1 150 000 F). L'activité de la Costocap est loin d'être négligeable : pour l’exercice 1954-1955, elle a vendu 4 025 t d’aliments, 306 t de semences, 159 t de produits chimiques et 38 915 articles de quincaillerie ; ses 16 magasins de stockage ont traité près de 40 000 quintaux de blé et elle a en outre proposé un service d’utilisation en commun de pulvérisateurs pour désinfecter les étables ou assurer divers traitements.

Forte de plus de 6 000 sociétaires, la Coopadou, qui s'installe rue Delavelle en 1955, devient donc à cette date propriétaire des magasins et silos de Saint-Vit (bâtiment acquis en 1944), Montrapon et Emagny. Elle absorbe en 1957 - à sa demande - la coopérative de Montbéliard, créée en 1925 et qui lui apporte près de 500 sociétaires, puis en 1985 celle de Baume-les-Dames, ouverte en 1920.

Elle réorganise ses activités : elle ouvre en 1973 à Saône un établissement où elle transfère son département machinisme agricole et, en 1974, à Dannemarie-sur-Crête un silo remplaçant celui de Saint-Vit (qu’elle avait équipé d’un séchoir à maïs en 1969). Dannemarie accueille aussi l’année suivante les activités approvisionnement de Montrapon (ce site et celui de Saint-Vit seront revendus en 1976-1977) puis, en 1990-1991, une usine de fabrication d’aliments pour bétail (un premier essai infructueux avait été tenté de 1957 à septembre 1959 au Valdahon).

En 2009, la Coopadou fusionne avec les coopératives de Poligny-Bletterans (Jura) et Codeval (Société coopérative agricole d'Approvisionnement et de Céréales de la Vallée de l'Ognon, à Rigney, Doubs). Nommée Terre comtoise et dirigée par un conseil d'administration de 21 membres, la nouvelle coopérative emploie 350 personnes en 2013 (avec ses filiales) et compte 3 400 adhérents. En 2012, elle emménage dans de nouveaux locaux sur la commune de Vaux-les-Prés. Cette même année, elle collecte 120 000 tonnes de céréales (dans sept silos de stockage de longue durée, à Rigney, Sainte-Marie, Rougemont, Dannemarie-sur-Crète, Les Hays, Desnes et Saône), produit 150 000 tonnes d'aliments pour bétail (à Dannemarie-sur-Crète), commercialise 60 000 tonnes d'engrais via ses 21 magasins Lisadou et Gamm vert, vend un quart du matériel agricole acquis par les agriculteurs...

Avant son déménagement, la coopérative occupait l'étage carré et l'étage en surcroît du bâtiment d'administration, le rez-de-chaussée étant loué à partir de la fin 2007 à la Région Franche-Comté pour le service inventaire et patrimoine (déménagement les 17-19 décembre). En fait, la Région est présente sur le site depuis 2001 : à cette date, son service d'archives a emménagé dans l'entrepôt, rehaussé d'un étage (et doté d'un ascenseur) en 2013 pour accroître ses capacités de stockage. C'est peut-être à l'occasion de cette location qu'ont été démolis les bâtiments adossés contre le mur fermant la cour au sud-ouest.