Vers 1967, la direction départementale de l’agriculture propose un plan de reconstruction de la fromagerie à la coopérative fromagère. Le projet prévoit d’installer les trois caves d’affinage (froide, tempérée et chaude) et le garage du camion (ramassage du lait) à l’est du bâtiment. La partie ouest sera occupée par la salle de réception (équipée de 2 tanks de 3000 litres, d’un pèse-lait, d’une pompe et d’une écrémeuse), la salle de fabrication (deux cuves de 5000 litres, un bac d’extraction et cinq presses), la chaufferie (chauffage au fuel) et la beurrerie. Plusieurs logements sont aménagés à l’étage. La nouvelle fromagerie semble avoir été construite conformément au plan établi. Mise en service au printemps 1969, elle emploie trois personnes et transforme quotidiennement 5000 à 8000 litres de lait en emmenthal.

Les neuf fromageries attestées sur le territoire communal fabriquent 31 500 kg de fromage et 9400 kg de beurre en 1824. Il existe encore huit fromageries en 1850. La fusion de ces fruitières, dans le 3e quart du 19e siècle, incite le conseil municipal à approuver en 1870 la construction de deux chalets de fromagerie dans le village, l’un au nord, l’autre à l’est. Le coût total s’élève à 19 950 francs et le projet est confié à l’architecte Louis Girod, de Pontarlier. Chaque chalet se compose d’un sous-sol avec une cave voûtée pouvant contenir 350 fromages, d’un rez-de-chaussée abritant une "cuisine" (salle de fabrication) de 6 x 7 m, une chambre à lait (3,50 x 4,50 m), une remise (6,50 x 3,50 m) et une "chambre à l’étage [qui] constituera le logement du fruitier". Adjugés en septembre 1871 à l’entrepreneur Hippolyte Nicol, les travaux sont prolongés par un devis supplémentaire en 1873 et achevés à la fin de l’année 1874. A cette date, la commune compte sept sociétés de fromagerie (trois au village et quatre dans les hameaux et fermes alentours) qui fabriquent annuellement 66 100 kg de fromage avec le lait de 505 vaches. Deux nouvelles fromageries sont bâties en 1877-1878 : l’une au hameau des Cordiers, toujours par l’architecte L. Girod, et la seconde au hameau de Plaimbois, sur des plans de Charles Vernier. En 1894, la commune d’Arc-sous-Cicon possède sept chalets de fromagerie sur son territoire, dont quatre dans des hameaux.

Au début des années 1890, afin d’améliorer la qualité des fromages, le conseil municipal souhaite réunir la fabrication dans un lieu unique, et décide d’agrandir la fromagerie du quartier Haut, construite à l’est du village par Girod en 1872-1874. Dressés par Marcel Boutterin, architecte à Besançon, les plans sont approuvés en avril 1894, pour un coût de 20 000 francs. Les travaux sont adjugés à François Schnarf, entrepreneur à Vercel. Des "travaux d’amélioration et d’agrandissement de la fromagerie centrale", d’un montant de 892 francs, sont adjugés en 1897 à Jean Martignoni, de Morteau. Au début du 20e siècle, la fromagerie est exploitée par les frères Walder et traite quotidiennement 5000 litres de lait. En 1904, la société H. Vogt-Gut (Arbon, Suisse) procède à "l’installation complète d’une laiterie et fromagerie à vapeur". Le matériel comprend deux cuves de 1400 litres équipées de brassoirs mécaniques, un foyer "Réforme" de 1400 litres, un malaxeur, une écrémeuse-centrifugeuse et une chaudière à vapeur d’une surface de chauffe de 10 m². Cet équipement est mis en mouvement par une machine de 8 à 10 chevaux. Une carte postale du début du 20e siècle précise que la fromagerie traite quotidiennement une moyenne de 3500 litres de lait, et qu’elle "produit plus de 125 000 kilos de fromage de gruyère par an". En 1926-1927, une cave d'affinage est construite contre la façade nord de la fromagerie, d'après un projet de l'architecte-ingénieur Camille André. Mesurant 17 m de long sur 4,5 m de largeur, elle permet d'abriter 340 meules. Les travaux sont adjugés en mars 1926 à Léon Saintot, entrepreneur à Vercel. C'est cette fromagerie qui est reconstruite une troisième fois en 1968.