L’ingénieur suisse Ernest Zürcher monte un atelier de mécanique à Neuchâtel (Suisse) en 1896. L’année suivante, il entreprend la fabrication de moteurs pour motocyclettes. Associé au mécanicien suisse Hermann Lüthi, il fonde en 1901 la société anonyme Zürcher-Lüthi et Cie, rebaptisée ZL (marque déposée). L’atelier de construction automobile est transféré à Saint-Aubin-Sauges, commune suisse au bord du lac de Neuchâtel. Les moteurs ZL équiperont les motocyclettes du constructeur français La Victoire. Hermann Lüthi se retire de l’affaire en 1902 et la nouvelle raison sociale devient Fabrique de Moteurs et de Machines.

Pour contourner la hausse des droits de douane décidée en 1902 par le gouvernement français, Ernest Zürcher implante à Pontarlier un petit atelier d’assemblage de moteurs de motocyclettes, vendus sous la marque Zedel (association phonétique des initiales des deux patronymes). Des terrains sont achetés en 1903 entre le Doubs et la route de Besançon au nord-ouest de la ville, et de vastes ateliers sont construits en béton armé par l'entrepreneur Laporte entre 1903 et 1905. L’usine de moteurs Zedel est inaugurée le 5 novembre 1905. Ses machines sont alimentées par un "moteur à gaz d’une force de 100 chevaux" et une machine à vapeur assurant l’éclairage électrique et le fonctionnement d’une pompe installée sur le Doubs. A cette date, l’usine embauche 130 ouvriers, mais un total de 250 personnes est attendu pour le début de 1906. Écarté de la société Fabrique de Moteurs et de Machines en 1906, Ernest Zürcher est contraint de céder sa succursale de Pontarlier, mais poursuit la même activité en Suisse.

Cette même année, la société Fabrique de Moteurs et de Machines décide de se lancer dans la fabrication automobile. Le premier modèle, appelé Type B, sort des ateliers en 1907 (97 exemplaires). Sous l’impulsion du directeur Samuel Graf, la société diversifie ses modèles, tous à quatre cylindres (CA, CB, CC, CG, CF, puis type D, CI, CE, etc.). L’usine est agrandie en 1912, avec la construction au sud d’un atelier (790 m2 de superficie) attribué à l’architecte suisse Eugène Jost. L’année suivante, une demande de travaux porte sur la construction d’un atelier de trempe et de cémentation. En 1912, l’effectif de l’usine atteint 278 personnes. La production d’automobiles s’arrête en 1914, l’usine étant réquisitionnée pour la fabrication d’obus.

La société est rachetée en 1919 par l’industriel Jérôme Donnet, dont le nom est associé aux hydravions de guerre de marque Donnet-Lévêque puis Donnet-Denhaut. Créée en décembre 1919, la Société Française des Moteurs et Automobiles Zedel laissera place en 1924 à la Société Française des Automobiles Donnet-Zedel. Vers 1920, la société produit entre 30 et 35 véhicules par mois. En 1920 sort un nouveau modèle, le type P, destiné à une clientèle fortunée, suivi en 1921 du modèle C15, produit en grande série, puis du C16 en 1922, fabriqué jusqu’en 1929. Une école d’apprentissage est attestée dans l’usine en 1921. En janvier 1924 sort des ateliers le type G, vendu sous la marque Donnet-Zedel, dont les moteurs sont fabriqués dans une usine acquise à Gennevilliers, les châssis montés dans l’ancienne usine d'hydravions Donnet à Levallois-Perret (Ile-de-la-Jatte), et les carrosseries produites dans un atelier du 57 rue de Villiers à Neuilly-sur-Seine, également siège social de la société.

En 1924, une demande est déposée en préfecture pour déplacer la fonderie de seconde fusion, équipée d’un cubilot. En février 1926, l’architecte Maurice Fildier présente un plan d’agrandissement de l’usine : ateliers de réparation, de montage des châssis et de traitement thermique, ainsi qu’une chaufferie, un magasin et des vestiaires. L’année 1926 correspond à la disparition de la marque Donnet-Zedel, au profit de Donnet. Une usine de construction automobile ultramoderne est inaugurée à Nanterre en 1928.

Au moment de sa fermeture à la fin de l’année 1929, l’usine de Pontarlier emploie 997 personnes. Les bâtiments sont vendus en 1938. La partie nord, occupée par la forge et la fonderie, est achetée par la ville, et accueille en 1941 les services techniques de la ville. Après la Seconde Guerre, les vastes ateliers de l’usine sont occupés par diverses entreprises :

- la distillerie Emile Pernot acquiert, peut-être pendant la Seconde Guerre mondiale, la partie sud de l’établissement et y transfère son activité, qui redémarre en 1946. L’affaire avait été fondée le 14 mai 1890 sous la raison sociale Emile Pernot et Cie, lorsqu'Emile Ferdinand Pernot s'était associé les frères Eugène et Adolphe Parrot (eux-mêmes successeurs en 1889 de l'affaire fondée en 1879 par Henri François Duval dans le couvent des Augustins). L'association des trois hommes prenait fin le 25 septembre 1892. Emile Pernot fondait le 2 février 1894 une nouvelle société qui portait son nom. La distillerie s’installait en 1900 rue de la Loge ou des Augustins dans la "maison Laroche", en vertu d’un avis favorable du conseil d’hygiène du 27 juillet 1900. Vers 1905, l’établissement ne possédait qu’un alambic de 631 litres et produisait annuellement 400 à 500 hl d’absinthe. Il était transféré en 1907 rue du Mont (actuellement du docteur Grenier) dans les locaux de la distillerie Deniset Jeune (IA25001582). Vers 1920, Emile Joseph, fils d’Emile Ferdinand, se lance dans la fabrication des apéritifs anisés et s’installe au n°13 de la rue des Lavaux, avant d’acquérir des locaux quai du Doubs. L’affaire est transformée en société anonyme Emile Pernot en 1931. Elle est reprise en 1935 par ses quatre enfants, sous la raison sociale Les Fils d’Emile Pernot, avant de s’installer dans les bâtiments désaffectés de l’usine d’automobile. Les deux frères Roger-Emile et Georges font installer une chaîne de lavage et d’embouteillage, des cuves et des alambics basculants. Dirigée ensuite par Gérard, fils de Roger Emile, la société Les Fils d’Emile Pernot commercialise ses apéritifs anisés sous divers noms (Un Emile, Vieux Pontarlier). Elle recommence à re-fabriquer de l’absinthe en 2001, mais cesse son activité en 2005. Elle a été rachetée et transférée en 2009 dans l’ancienne distillerie Cousin Jeune à La Cluse-et-Mijoux (IA25001536).

- en 1946, la Manufacture de cuirs Paul Pelletier Fils, implantée 14 rue des Ecorces, demande autorisation d’y transférer son activité. Elle n’est plus présente en 1954. En 1954, la société SIC (Société Industrielle du Caoutchouc), de Fleurier (Suisse) y implante sa filiale française. L’usine de la SICFRA y fabrique des bacs accumulateurs par moulage dans des presses à chaud. Encore en activité en 1958, elle ne semble pas avoir perduré.

- une partie des ateliers abrite également la société Maire-Vuillemin, fondée dans l’entre-deux-guerres par les frères André et Jean Maire et Louis Vuillemin, spécialisée dans la fabrication de cycles. La marque Mervil (association des deux noms) est créée en 1941. En 1954, l’entreprise emploie 25 ouvriers et produit en moyenne 600 vélos par mois. Fin 1954, la société Maire-Vuillemin fusionne avec une société allemande, et ajoute à la fabrication de cycles celle de cyclomoteurs et de moteurs de machines à coudre. Elle cesse son activité en 1962.

Une partie des ateliers de fabrication, dont celui occupé par la distillerie Pernot, est détruite vers 2009, laissant place peu après à un supermarché.