Correspondant au territoire de la commune, l'aire d'étude de Besançon industriel constitue une des quatre zones du département du Doubs, qui comprend également le Pays de Montbéliard (77 communes), le Pays horloger (78 communes) et les vallées, plateaux et montagnes (424 communes).

Commencé en milieu d’année 2017, l’inventaire du patrimoine industriel de la ville s’est achevé fin 2018. A une exception près, l’aire d’étude retenue s’arrête aux boulevards Winston Churchill et Léon Blum, dont les franges ouest et nord ont été urbanisées à partir des années 1960. Sur la centaine de sites étudiés, près de 70 sont liés aux industries horlogères ou micromécaniques, une dizaine concernent des sites métallurgiques (transformation des métaux), le reste étant consacré à des industries diverses (agro-alimentaire, textile, confection, etc.). L'industrie horlogère s'impose dans la ville dans le cours du 19e siècle, mais l'identification et la localisation des lieux de travail restent parfois problématiques. La raison principale en est que, dans le cadre de l'établissage, la plupart des opérations s'effectue à domicile, et qu'il s'agit principalement d'une activité industrielle, morcelée et domestique, qui s'inscrit dans l’architecture civile. D'autre part, les sources d'archives sont peu nombreuses et donnent peu de précision sur le cadre de la Fabrique d'horlogerie bisontine.

Parmi les actions de valorisation de ce travail, le service Inventaire et Patrimoine a coproduit avec le musée du Temps, de Besançon, une exposition intitulée L'horlogerie dans ses murs. Lieux horlogers de Besançon et du Haut-Doubs. Initialement prévue du 18 mai au 6 octobre 2019, cette exposition a été prolongée jusqu'au 5 janvier 2020 et s'est accompagnée de la réalisation d'un catalogue. Toujours en coproduction avec la ville de Besançon, une publication sur les lieux de production horlogère dans la ville devrait voir le jour au printemps 2022 dans la collection Images du Patrimoine.