Une position stratégique
En 1816, la construction du fort des Rousses est décidée par le général Haxo, ciblant la défense des cols de Saint-Cergues et de la Faucille. Cependant, la commission de Défense n'engage aucune action officielle. En 1840, le renforcement du secteur des Rousses est de nouveau étudié. Le comité de défense propose d’y implanter une petite place forte de dépôt qui aura pour objectif d’approvisionner le front est du territoire national, mais ce projet est mis en attente. Ce n'est qu'en 1841 que le ministère des Finances vote un crédit pour la construction d'un fort. L'emplacement du Cernois est choisi car il permet de commander les communications en direction de la frontière helvétique, ainsi que le contrôle du défilé de Morez.
Le projet et la construction du fort
Sous la direction du capitaine de Génie Bichot puis du colonel Boutault, les ingénieurs travaillent aux plans. La loi du 25 juin 1841 entérine la construction et un budget de 5 000 000 francs est affecté. Un terrain de 93 hectares est acquis par l'Etat en 1842, par expropriation pour cause d'utilité publique. Le projet final arrêté le 18 juillet 1842 se veut ambitieux : le fort disposera d'une capacité de logement pour 3 500 soldats et 2 000 chevaux. L’édifice aura des fronts bastionnés et ses murs d’escarpe hauts de 9m seront taillés dans le roc. Le projet prévoit également l’érection d’une batterie (cotée 18) sur le mamelon du Cernois, point le plus élevé à l’intérieur de la place. Plusieurs bâtiments sont prévus : quatre casernes qui se feront face autour de la place d'armes, un arsenal et deux magasins à poudre (un seul sera édifié en 1849). Deux portes desservent l’édifice. Les travaux débutent en 1843. Une grande partie de la main d’œuvre est italienne, de la région du Piémont, habituée à travailler le roc pour creuser les souterrains nécessaires au fort. Enfin, la localité comporte des carrières de calcaire ce qui facilite l'acheminement du matériau pour ce chantier. En 1849, une réduction des projets est adoptée ce qui conduit à supprimer la quatrième caserne et le pavillon des officiers (devant faire face à la caserne Quitry). La raison principale est la détérioration des rocs entourant la forteresse, qui sont très gélifs. Pourtant les mémoires préparatoires prévoyaient une forte résistance malgré la rigueur des hivers dans ce secteur. Cela nécessite d’allouer dans l'urgence un budget supplémentaire pour revêtir les escarpes et ainsi garantir la maçonnerie par des terrassements. Les travaux se poursuivent : la porte de Suisse est aménagée (elle porte la date 1848), la caserne C (Quitry) est élevée en 1853 tout comme le cavalier 12. Le fort des Rousses est considéré comme prêt à entrer en service en 1862-1863, années qui correspondent à l’achèvement des portes et du bâtiment A (caserne Saint-Germain). Seule la demi-lune est encore en cours d’exécution. Une première brigade prend ses quartiers. Vers 1868, les derniers travaux sont apportés sur les fronts 3-4 et des réorganisations effectuées comme au bastion 3 avec la construction d'une traverse et d’un passage couvert. La même année, 81 pièces d'artillerie y sont installées.
Le fort lors des conflits militaires
Au moment de la guerre franco-prussienne, le fort est gardé par 300 gardes mobiles du Jura et il sert de refuge à un corps de l’armée de l'est du général Clichant en janvier 1871. A la fin du conflit, le site est placé en 3e classe : le système défensif et l’architecture du fort sont dépassés avec l’apparition du canon rayé. Les murs d'escarpe sont trop hauts, ainsi que les deux casernes situées autour de la cour d'honneur. Un avis en date de 1871 propose d’établir un cavalier général qui surplomberait tous les ouvrages du fort ainsi que les deux casernes, et de doter le fort de trois magasins à poudre supplémentaires en cas de guerre. A partir de 1879, pour améliorer la résistance du fort en cas d'assauts, les fronts d’attaque (façade est) sont équipés de traverses-abris. Des travaux importants de réparations et de modernisations sont entrepris en 1886 et 1887 qui consistent à "épaissir les parapets exposés au feu de l'ennemi [de 6 à 8 m], recharger les terrassements des abris existants, construire de nouvelles traverses en vue de défiler l’armement des hauteurs dangereuses ; construire des magasins à poudre en arrière des diverses parties de la fortification ; compléter le casernement du temps de siège, lequel ne comprend actuellement que les locaux du cavalier 12 [...]". En 1887, deux batteries sont construites pour disposer de positions de tir autres qu'au fort (elles seront vendues aux enchères vers 1959). En 1888, un procès-verbal d’adjudication mentionne des travaux de réparation aux escarpes. Le 22 mars 1898, un décret autorise une extension du polygone de tir dans la première zone des servitudes du fort (le bornage initial avait été effectué en 1852). Le fort est utilisé par les militaires jusqu'en 1919 puis désaffecté. En 1925, et de 1930 à 1938, il abrite des colonies de vacances pour les enfants des soldats. En 1934, les toits recouverts de terre sont remplacés par une couverture en tuiles. Au cours de cette décennie, le fort retrouve un usage militaire dans le cadre de son intégration au secteur fortifié du Jura, un des tronçons de la Ligne Maginot, bien que le Jura ne soit pas considéré comme une zone stratégique. Les Allemands occupent le fort de 1940 à 1944. Entre-temps, un tremplin à ski est implanté au glacis nord vers 1941.
Le devenir du fort depuis 1944
Les unités françaises en reprennent possession en 1944 et il devient un centre d'entraînement commando jusqu'en juin 1997 et la suppression du service militaire obligatoire. Un bâtiment permettant d'abriter les officiers et leurs familles a été construit après la seconde guerre. En 1997, l’Etat vend le site à la commune des Rousses. Il est alors restructuré pour abriter les caves d'affinage des fromages Arnaud et l'entreprise de lunetterie Comotec. Plus récemment, les services de la Communauté de communes de la Station des Rousses et de la société Sogestar (gestionnaire du domaine alpin) s’installent dans le bâtiment Saint-Germain. Aujourd’hui, on estime que 30 % des galeries souterraines et des « passages cachés » n'ont pas encore été identifiés, tout comme les citernes, indispensables au casernement et aux 2 000 chevaux (une bête buvant en moyenne 30 l d'eau par jour). La forteresse porte également le nom d’Henry Martin, général qui fut lieutenant au 133e régiment d’infanterie des Rousses et général de corps d'armée libérateur de la Corse en 1943. Une plaque commémorative est déposée sur la place d'armes.
Guillaume Gézolme, chercheur. Région Franche-Comté puis Bourgogne-Franche-Comté, Service Inventaire et Patrimoine, 2014-