A la fin des années 1890, le curé de Morez, le chanoine Fusier, achète un terrain au long de la Bienne sur lequel, de février 1898 à avril 1900, il fait construire un bâtiment, en grande partie financé par Octavie Radaz, destiné à une école. Confié aux Petits Frères de Marie (ou Frères maristes des Ecoles, ordre fondé en 1817 par saint Marcellin Champagnat), l'établissement ouvre en 1900 avec 40 élèves, répartis en trois classes. Les effectifs sont de 112 élèves en 1912, baissent à une quinzaine dans les années 1920 pour remonter à 64 en 1938, après le retour des religieux, puis 73 en 1950. Il devient collège mixte dans les années 1960 et le bâtiment est agrandi suivant des plans du cabinet d'architecture CETR (Coopérative d'Etudes techniques rurales), de Lons-le-Saunier : surélévation d'un étage en 1969 (pour un nouvel internat) puis construction d'un corps en retour d'équerre au sud-ouest en 1975-1976. En 1990, l'école s'étend par l'achat d'un immeuble situé dans l'angle de la rue Pasteur, entre les numéros 10 et 12 (ancien bâtiment de l'usine de menuiserie-ébénisterie Gauthier, repris par la suite par les sociétés Girod, Cottet puis Seiller ; voir ce dossier), destiné à abriter salle de sport, cantine, salles diverses et foyer. En 2003, partagé entre ses deux sites, le collège Notre-Dame compte 460 élèves (dont seulement 98 sont Moréziens) : 220 en maternelle et dans le primaire, 240 collégiens.