En juin 1638, Poligny étant menacée par les troupes françaises, les clarisses de la ville se réfugient à Salins. D’abord réparties dans les couvents des carmélites, des tiercelines et des ursulines, elles s’installent peu après (officiellement le 4 mars 1639) dans le prieuré bénédictin de sainte Madelaine. Situé en dessous de l’église collégiale Saint-Michel, cet établissement, propriété des carmélites, est alors à l’abandon. En 1643, Philippe IV, roi d’Espagne, accorde aux clarisses l’autorisation de résider à Salins en attendant la reconstruction de leur couvent de Poligny. A partir de 1644, les demandes pour prendre le voile chez les clarisses affluent, mais le magistrat de la ville ne leur a toujours pas formellement accordé l’autorisation de s’établir à Salins. Une nouvelle demande d’installation adressée à la ville en 1647 reste sans réponse. En 1655, Bénigne Rousselet, veuve de Pierre Fournasse, donne 3000 livres aux clarisses de Salins pour acheter une maison afin d’y établir un couvent, ainsi qu’un domaine à Chaux-sur-Champagny. En juin 1656, le gouverneur de la province, Claude de Bauffremont, obtient enfin la " réception " des clarisses à Salins. Le 8 juin 1658, celles-ci achètent à Nicolas Louis Guerche de Grozon (ou la famille d’Andelot, selon les sources) une " maison située derrière l’église Saint-Jean-Baptiste avec le jardin et le verger qui se prolongeait en terrasse jusqu’aux murailles de la ville ". D’après l’historien salinois Edouard Toubin, cette maison aurait appartenu en 1391 à Jean le Louvet, de Saint-Anne, et à sa femme Jacquette de Scey, puis vers 1422 à Jacques Mouchet, seigneur de Château-Rouillaud. Le couvent est construit dans la décennie 1660 à l’emplacement de cette demeure, visible sur le tableau de la ville peint par Nicolas Richard (2e quart du 17e siècle). Les travaux semblent s’achever à l’été 1669 ; la chapelle aurait été consacrée le 15 juin 1670. Dans le dénombrement des habitants de la ville en 1687, l’établissement compte " 24 mères de Sainte-Claire ". En 1792, au moment de la vente du couvent comme bien national, 26 religieuses y sont encore présentes. La ville achète les bâtiments conventuels au début du 19e siècle, qu’elle transforme en caserne d’infanterie (aménagement de casernement, ou chambrées, entre 1814 et 1817). C’est à ce moment qu’apparaît l’appellation " claristes ", pour clarisses, qui sera utilisée pour baptiser la rue montant à l’église Saint-Anatoile (la mention Clairistes apparaît déjà sur un plan de la fin du 18e siècle). En 1818, le département de la Guerre reprend les fortifications (remparts, tours, terrains et bâtiments militaires) qu’il avait cédé à la ville en 1811. La chapelle n'apparaît déjà plus sur le plan cadastral napoléonien (1831). L'extrémité sud du bâtiment est touchée par l’incendie de juillet 1825. Deux plans datés de 1837 et 1839 portent la mention " bâtiment en construction ". Il semble que l'administration militaire ait tardé à reconstruire cette partie du bâtiment, hésitant à maintenir une garnison à Salins. La délibération du 10 aôut 1843 précise que la ville " a reconstruit à ses frais la partie incendiée de la caserne, cela sur la promesse faite les 7 et 16 janvier 1837, par M. le ministre de la Guerre d'y maintenir une garnison permanente. La reconstruction de la caserne fut achevée en 1839 ". Le rez-de-chaussée du couvent a pu être conservé, seuls ont été reconstruits les deux étages, sur cinq travées. Un plan du Génie de 1851 stipule que la caserne est prévue pour 261 sous-officiers et soldats [...] soit trois compagnies. Le projet prévoit la mise en place de colonnes en fonte pour renforcer les planchers. Le plan inclut l'extrémité nord du bâtiment, attenante au collège, qui abrite une cave et un magasin, et qui disparaît au début du 20e siècle. La caserne est renommée caserne Cler dans le dernier quart du 19e siècle, du nom d’un général salinois mort lors de guerre de Crimée en 1859. Des plans d’aménagement des locaux datés de 1906-1908 attestent que la caserne n’est plus en service à cette date. Dans les années 1960-1970, le bâtiment a accueilli la bibliothèque municipale et des salles d’activité de la MJC. Elle abrite aujourd’hui le fonds ancien de la bibliothèque.