Deux écoles primaires sont ouvertes en 1842 et 1843 dans le faubourg Champtave (actuellement Pasteur), l’une dans les locaux de l’ancien couvent de carmes (école de filles), l’autre dans une maison louée dans la rue principale (actuelle rue Pasteur). L’enseignement y est effectué jusqu’en 1861 par la société des frères de Marie, puis par des instituteurs laïcs.

La municipalité décide en 1909 de créer dans le faubourg Pasteur un groupe scolaire afin de rassembler les cinq classes existantes : deux dans l’école de garçons (située au fond de la ruelle perpendiculaire, entre les n° 32 et 34 de la rue Pasteur), deux dans l’école de filles Jean Macé (66 rue Pasteur) et la " salle d’asile " de l’école maternelle (rue des Prémoureaux). En 1910, l’architecte champagnolais Alfred Schacre conseille la ville pour l’emplacement du nouvel établissement scolaire, qui devrait être construit sur un terrain occupé par une vigne, en bordure du chemin du hameau de Baud, appartenant à un dénommé Chevalier.

Pour causes de difficultés financières, le projet municipal est abandonné et c'est finalement une école privée qui est bâtie à l'emplacement retenu. L'école libre de Saint-Claude est construite pour le compte de mademoiselle Marie-Louise Pitrat, d'après des plans de l'architecte bisontin Painchaux (Max-Eugène ?) datés de 1911. L'école comprend deux classes au rez-de-chaussée, et un logement et une troisième classe au premier étage. Deux préaux séparés par des WC sont construits sur le côté est de la cour de récréation. Une carte postale datant de la décennie 1910 montre une statue du saint placée sous le fronton triangulaire, au centre de la façade sud.

En 1921, Alfred Schacre est de nouveau missionné par la ville pour établir les plans d'une école communale, toujours sur la pente nord du faubourg Pasteur. Son projet prévoit cinq classes, avec cuisine, réfectoire et deux logements. La mairie tergiverse et lance peu après un concours pour la construction d'un groupe scolaire, mais sur des dimensions moindres. Finalement, la ville procède en 1924 à un échange entre l’école Jean Macé, dont elle est propriétaire (66 rue Pasteur), et l'école libre de Saint-Claude. Celle-ci n'ayant " pas été construite pour le service qui lui est imposé actuellement ", des travaux d'aménagement sont adjugés le 21 août 1924 à l’entrepreneur Laurent Marpaux, et le procès-verbal de reconnaissance définitive est signé le 21 février 1926.

En 1955, l'architecte François Barrès fournit les plans d'extension de l'école. Deux salles de classe sont construites au-dessus des deux préaux, au nord. Les travaux sont adjugés à l'entrepreneur salinois Pellegrini, suivis par l'architecte voyer Foulonneau. L'école a cessé de recevoir des élèves en 1987 et a été occupée dans la décennie 2000 par les bureaux des Musées des Techniques et Cultures comtoises. Elle abrite aujourd'hui l'Association Musicale Salinoise.