Le nom de la commune a pour origine "monticellu", diminutif du latin "mons", montagne, le Comte étant l'ancien génitif signifiant du comte. La découverte, sous l'autel de l'église Saint-Symphorien, d'un socle gravé du 3e siècle laisse supposer que le site était occupé à l'époque gallo-romaine. En 418, saint Germain d'Auxerre donne le domaine de Monceaux au monastère de Saint-Cosme. La commune, qui relève alors de l'évêché d'Autun, est appelée Sanctus-Georgius-de-Moncellis, la cure dépend du prieuré de Saint-Etienne de Nevers, la seigneurie et son château appartiennent au seigneur de Metz-le-Comte. Au 17e siècle, Monceaux et Neuffontaines constituent une des châtellenies du duché de Nevers. Par son mariage avec Mahaut, Landerick IV réunit les deux châtellenies de Monceaux et de Metz au comté de Nevers. C'est à Monceaux qu'est né le médecin de Louis XV et de Louis XVI, Colon de Montfort. Pendant la Révolution française la commune porte le nom de Monceaux-sur-Yonne. C'est le recensement de 1846 qui donne la population la plus forte à Monceaux avec 453 habitants. Cette dernière va régresser très régulièrement jusqu'à nos jours pour atteindre le chiffre de 132 hab au dernier recensement de 1999.