Le nouveau logis abbatial est construit à l'emplacement des anciennes halles monastiques détruites par un incendie en 1644, sur un terrain cédé par la ville près de l’abbaye et de son église. Le devis de l'entrepreneur savoyard Charles Barbier, datant du 12 juillet 1683, concerne un ensemble comprenant une cour, des écuries et un fenil, une tour abritant prison et pigeonnier ainsi qu'un jardin. L'abbé Théodore Gourret du Clos en prend possession le 20 février 1688 comme en témoigne la plaque de cheminée ornée de ses armoiries. Vendu comme bien national à la Révolution, l'édifice abrite en 1791 la maison commune et l'école de garçons, auxquelles s'ajoute, après l’an XII (1803-1804), le presbytère installé jusqu'alors rue de l'Eglise (actuellement 8 rue Bossuet) et avant son transfert en 1948 dans l'ancienne maison Neveux.