L'autel avec retable et tabernacle en bois est adossé au mur oriental. Le tableau représente la Vierge de l'Immaculée Conception. La verrière représente les armoires de la famille de Bauffremont accompagnées de son cri ("Plus deuil que joye") et de sa devise ("Dieu ayde au premier chrestien"). Le motif de l'écu vairé se retrouve sur la grille de clôture de la chapelle, de part et d'autre du chiffre de la famille de Bauffremont. La peinture sur toile marouflée du mur ouest est intitulée "Dieu ayde au premier chrestien" et représente l'imposition des mains pratiquée par un prêtre sur un guerrier partiellement immergé dans une piscine baptismale. La scène est traditionnellement identifiée comme le baptême de Clovis, mais il s'agit plus vraisemblablement de celui de Bowermund, chef burgonde qui se fait baptiser avec son armée avant d'affronter les Huns en 427. La famille de Bauffremont prétendait en effet descendre de cet ancêtre légendaire. Cette filiation est notamment présentée dans le Nobiliaire de Franche-Comté (seconde moitié du 17e siècle) de Thomas Varin.