Le domaine existe depuis au moins l'Ancien Régime : il est au 18e siècle la propriété de la famille de Berbis. L'actuel château de Molaise, élevé par la famille de Saint-Seine, date de 1868. Cette famille était alliée à la famille de la Serve, qui hérita de ce château en 1896, et possédait également le château de la Serve à Romenay, dont dépendait la ferme de Saint-Romain (IA71002551). La commune de Molaise est rattachée à celle de Huilly en 1823. Sur le cadastre napoléonien de 1835 (Archives départementales de Saône-et-Loire) apparaissent des bâtiments autour d'une cour avec une pièce d'eau. Une grande construction rectangulaire est parallèle au cours de la Seille. (Lucien Guillemaut, Armoiries et familles nobles de la Bresse louhannaise : armoiries ouvrières, armoiries particulières et de familles, 1909)