Port fluvial des Éduens, Mâcon (Matisco) est donc très tôt liée à la rivière dont elle colonise progressivement la rive droite. Le pont fortifié franchissant la Saône est attesté par un texte de 1077. A partir du 12e siècle, la ville se dote d'une nouvelle enceinte intégrant les faubourgs : les remparts longent la Saône et forment un arc de cercle. L'étude de B. Léthenet sur les aménagements portuaires du 15e siècle montre qu'il existait déjà des zones identifiées comme telles à la Gravière (entre le Breuil et la tour de Crève-coeur) avec un engin de levage pour le commerce des vins ou au port de la Chevroterie (face aux halles) avec des planches (quai vertical). L'urbanisation médiévale se lit très bien dans la vue cavalière de Rancurel (1581). L'analyse par F. Métrot du plan de Du Bois, dressé au milieu du 18e siècle, montre la ville de Mâcon dans ses aménagements urbanistiques hérités du Moyen Âge : les quais n'existent pas encore alors que les îles de la Réjouissance et des Joncs sont bien présentes. La ville se développe davantage à partir du 18e siècle ; ce qui conduit à des changements urbains, en particulier au niveau des remparts puisqu'en bord de Saône, ils seront remplacés par un quai (sous Louis XV, dans la seconde moitié du 18e siècle).

Les aménagements du 19e siècle sont connus par plusieurs documents d'archives, en particulier le plan de la ville de Mâcon réalisé par Pompanon en 1840. La traversée de la ville par la Saône permet de voir le développement des quais nord et sud. Ce plan mentionne également l'existence d'un barrage à l'aval du quai des Marans dont la construction remonte à quelques années auparavant. En effet, dans la Situation des Travaux, la création d'un barrage à pertuis libre (au niveau de l'actuel pont François-Mitterrand) "doit soutenir les eaux de la Saône à une hauteur suffisante sur le haut-fond qui se trouve en amont de la ville". Il doit donc permettre une hauteur d'eau suffisante (1,2 m durant les plus basses eaux et 1,5 m dans les basses eaux ordinaires). Un barrage éclusé retarderait trop la navigation. Commencés en 1836, les travaux se poursuivent grâce au fonds alloué par la loi du 19 juillet 1837. On sait également qu'à cette même époque un port doit être créé au quartier des Marans. Il est également fait mention des travaux portant sur la commune de Saint-Laurent, sur la rive opposée, consistant notamment à rattacher l'île de la Réjouissance à l’extrémité gauche du port de Mâcon pour établir le chemin de halage et ménager ainsi une vaste gare d'eau ; ce que précise le plan de Pompanon en indiquant "nouveau chemin de halage" le long de l'ancien bras de la Saône, en rive gauche. La Situation des Travaux en 1845 confirme l'exécution de l'ensemble assurant ainsi une navigation plus sûre au passage de Mâcon : dragages dans le prolongement et en aval de l'arche marinière du pont Saint-Laurent, exécution d'un barrage partiel accompagné d'une large passe navigable du côté du halage et établissement d'un nouveau port au quartier des Marans où s'est concentré le commerce. Au milieu du 19e siècle (vers 1854), l'arrivée du chemin de fer vient concurrencer et modifier le trafic fluvial. La carte de la Saône de 1862 permet de suivre l'aménagement des rives d'amont en aval : port du Breuil, port nord de Mâcon, banquette de halage sous le pont Saint-Laurent, port sud de Mâcon, bas-port des Marans et port des Marans prolongé par un perré. C'est à ce dernier niveau que se trouvait le barrage (appuyé sur l'île de la Charité).

Entre les deux guerres, on sait que le commerce de Mâcon est basé sur les produits agricoles : grains, œufs, volaille et surtout le vin. C. Cahen précise en outre qu'une cave coopérative intercommunale vient de se construire au port fluvial (1932). L'implantation d'un port fluvial à Mâcon révèle tout le potentiel commercial de la ville : dès 1929, le trafic atteint 68 000 t, le port étant relié à la voie ferrée et prolongé de l'autre côté, vers le quai des Marans.