En janvier 1956, une demande de permis de construire est déposée par le pasteur d'Auxerre Maurice Raignault, au nom de la Société Centrale d'Évangélisation dont le siège est parisien. Le projet déposé prévoit l'usage de parpaings creux de ciment Portland, de pilastres de parpaings pour la construction des murs et d'une charpente métallique constituée de trois fermes. L'autorisation est accordée le 29 mars 1956, mais la date d'achèvement du temple n'est pas connue. L'association cultuelle a bénéficié pour le terrain occupé d'un bail emphytéotique de 50 ans accordé par la ville de Joigny. À l'issue du bail, la fréquentation du temple ayant baissé de manière significative, l'Église protestante unie de France n'a pas souhaité continuer le culte protestant dans ce lieu alors restitué à la commune.