L'instrument est réalisé en 1954 par la maison E. A. R. Roethinger de Strasbourg (67). Il ne contient alors que onze jeux. En 1959, il est complété pour atteindre 39 jeux et est inauguré le 15 novembre sous la présidence de l’archevêque de Besançon. En 1966, il est remanié et harmonisé par la maison E. A. Roethinger sous la direction de l’organiste Gaston Litaize. Il comporte alors 43 jeux. En 2014, l’orgue est relevé, c’est-à-dire démonté, nettoyé et harmonisé par le facteur d’orgue franc-comtois François Delangue, sous la direction de l’organiste Laurent Agazzi. Le buffet d’orgue est avancé et les plans sonores sont réorganisés. Certains jeux d’anches sont remplacés. La console est retournée.