L'orgue a été construit par Marin Carouge en 1728 (marché du 12/07) pour l'église Notre-Dame d'Arbois (Jura). Il a été transféré à Saint-Just en 1775. des travaux sont exécutés en 1817 par Guillaume Bournier de Mièges (Jura). En 1853-1854, la maison Ducroquet de Paris reconstruit l'instrument : installation d'une console à 3 claviers et d'un pédalier, introduction d'un récit expressif, changement des sommiers et soufflerie, remploi de certains jeux de Carouge, agrandissement du buffet, remplacement de 3 jeux par Goyadin en 1868. Bitsch intervient sur l'instrument en 1893. En 1916, Bossier met en place des moteurs pneumatiques. En 1938, Roethinger ajoute des sommiers complémentaires dotés de jeux nouveaux et remplace des jeux anciens. Une nouvelle transformation de jeux est effectuée par Philippe Hartmann en 1970. En décembre 1982, est entreprise par Bernard Aubertin, facteur à Courtefontaine (Jura), et Claude Primot, ébéniste à Arbois, une importante restauration visant à reconstituer l'orgue de Carouge : jeux et montres de positif et grand orgue refaits d'après les modèles du 18e siècle. Les sommiers des grand orgue, du positif et de l'écho sont reconstruits en chêne massif selon les procédés en vigueur aux 17e et 18e siècles. Le sommier du grand orgue de 1854 est remployé pour les jeux de pédale.