Ces stalles furent construites pour remplacer les stalles médiévales, réalisées sur ordre d'Amé de Chalon, abbé de Baume de 1389 à 1431, qui furent vendues à la paroisse de Clairvaux-les-Lacs en 1752. A l'origine, ces nouvelles stalles comptaient 18 sièges et non 17 comme c'est le cas aujourd'hui : c'est au 19e siècle, lors de leur déplacement plus à l'est dans le choeur, qu'il fut nécessaire d'amputer un siège de la rangée nord.