A sa mort, Junot de Chalon était grand chantre de l'abbaye de Baume. Il fit réaliser un banc en bois sur lequel figurent ses armes et celle de l'abbé Pierre de Binans (voir IM39001963). Jusqu'à la fin du 19e siècle, sa dalle funéraire se trouvait dans la sacristie qui correspondait à l'ancienne chapelle privée de l'abbé Amé de Chalon dont il était parent et où d'autres membres de cette famille étaient inhumés (voir IM39001900, IM39001995 et IM39001996).