Les bijoux sont réputés être ceux de la fondatrice de l'établissement en 1293, la comtesse de Tonnerre, Marguerite de Bourgogne. En effet, par son testament, elle lègue en 1295 des bijoux à l'hôpital placé sous le vocable de Notre Dame, qui accompagnent un morceau de la vraie Croix. En 1410, ces bijoux, qui font partie du trésor de l'hôpital, sont transférés à la cathédrale d'Auxerre où ils restent conservés pendant 36 ans. Entre 1440 et 1442, selon les sources écrites, les archives et le trésor reviennent à l'hôpital. En 1807, les registres de délibérations décrivent les bijoux dits "de la Reine", comme se composant d'une alliance, de deux bagues et cachet or. Ces bijoux, déplacés depuis l'an 2, reviennent à cette date à l'établissement et sont conservés dans une coffre à trois clés qui aurait dû être placé à terme dans le futur mausolée en cours de reconstitution. Une vitrine de conservation est aménagée en 1864, à l'occasion de la célébration d'un anniversaire de la mort de la Reine. Sont conservés à Tonnerre sept éléments, ce qui signifie que certains éléments sont aujourd'hui désolidarisés et incomplets (fragments de la couronne).