Un martinet est attesté en 1544 à Lods, mais aurait été détruit pendant la Guerre de Dix ans. Une petite taillanderie appartenant à Claude Bailly est mentionnée en 1757, spécialisée dans la fabrication de faux et outils pour l'agriculture. L'établissement est acquis vers 1760 par la famille Fleur, Charles et ses fils Charles-Joseph et Noël, qui avait exploité auparavant les forges de Morvillars (IA90000047). C'est Noël, dit l'Aîné, qui y implante une forge et une filerie (tréfilerie) peu après. D'après l'enquête sur les forges françaises de 1772, elles produisent annuellement 75 tonnes de fer en barres et barreaux, et 50 tonnes de fil de fer. En 1788, l'usine est composée de deux feux (fabrication des fers) établis en 1781, d'un martinet et de trois feux, d'une clouterie à chaud, d'une fenderie, d'un cylindre à quatre cages et d'une clouterie à épingles ("8 aiguiseries").

Huit maisons sont également construites pour loger sur place les ouvriers. L’usine emploie une centaine d’ouvriers en 1778, et produit en 1785 250 tonnes de fil de fer, dont 100 tonnes sont transformées en clous. En 1787, le maître de forges et sa femme font édifier un oratoire à l’ouest de l’usine (IA00014567). Après la mort de Noël Fleur en 1792, sa femme (née Jeanne Marchand) acquiert l’usine métallurgique comme Bien national. Elle en reprend la direction, en s’associant à son cousin Jean Antoine Vautherin (remplacé par son fils Antoine François en 1810) et à son neveu Jacques Joseph Vuillier. L’usine se spécialise dans le tréfilage (36 grosseurs de fil). Elle est récompensée (médaille d'argent) aux Expositions des produits de l'industrie française de 1802, 1806 et 1819.

Au début du 19e siècle, la veuve Fleur équipe une chute sur la Loue 500 m en aval des forges, au lieu-dit Moulin-Neuf. Un bâtiment abritant un laminoir, une scierie et une ribe est construit sur la rive gauche du bief de dérivation, tandis qu’un moulin équipé de trois roues hydrauliques est bâti sur l’île, rive droite.

En 1813, l’usine métallurgique, dite du Haut pour la distinguer de celle de Moulin-Neuf, est mise en jeu par 16 roues hydrauliques. En 1816, la veuve Fleur fait construire, entre l’usine du Haut celle de Moulin-Neuf, une vaste habitation de 32 pièces, qualifiée de "château des forges". Le bureau et l’infirmerie sont installés au premier étage, et les familles Vautherin et Vuillier occupent les logements du second étage. En 1820, l’usine emploie 300 ouvriers et consomme 500 tonnes de fonte en gueuse, en provenance des hauts fourneaux de Haute-Saône.

A la mort de la veuve Fleur en 1822, Antoine François Vautherin et Jacques Joseph Vuillier s’associent pour poursuivre l’exploitation. En 1825, la tréfilerie renferme 52 machines, la fabrique d’épingles (dites "pointes de Paris") en abrite 35 alors que la clouterie "à chaud" en contient une vingtaine, le tout complété de "six meules à aiguilles". Elle consomme alors annuellement 5 à 6000 cordes de bois (de 80 pieds cube) et fabrique 600 000 kg de fil de fer et 40 000 kg de pointes de Paris et d'aiguilles à tricoter. En 1833, elle est réputée traiter annuellement 600 tonnes de fer et produire 150 tonnes de clous. De nouvelles machines de fabrication de clous sont introduites en 1835, permettant de faire passer la production annuelle à 250 tonnes.

En 1841, Jules Vautherin, fils d’Antoine François et ingénieur centralien, reprend la direction de l’usine. Il acquiert en 1843 l’usine de Hauterive, à Vuillafans (IA00014816) et y implante une tréfilerie. Cette même année, il demande l’autorisation d’exhausser le barrage de l’usine dite du Moulin-Neuf renfermant un cylindre, des forges et une machine soufflante. Lorsque cette usine est réglementée par arrêté préfectoral le 8 juin 1852, elle appartient à Jules Vautherin et se compose de "trois feux de forge, un laminoir, deux fours à recuire et deux fours à réchauffer, un atelier d’ajustage, le tout mis en mouvement par trois roues hydraulique en dessous et une quatrième horizontale dite turbine". En 1844, 500 tonnes de fil de fer sont fabriquées, dont 150 tonnes converties en clous. En 1849, les usines de Lods et Vuillafans emploient 500 ouvriers et produisent 804 tonnes de fer travaillé, dont 500 t sont tréfilées et 250 t transformées en clous et en aiguilles. L'es forges emploient à cette date 154 hommes, 53 femmes et 11 enfants.

En 1854, Jules Vautherin intègre l’usine de Lods à la société des Hauts Fourneaux, Fonderies et Forges de Franche-Comté, qu’il vient de créer. Le décret du 21 juin 1858 autorisant "le maintien de l’usine à fer" précise la consistance de l’établissement : quatre foyers d’affinerie avec appareils de compression et d’étirage, un four à réverbère, deux fours à chaleur perdue et une tréfilerie. D'après la matrice cadastrale, plusieurs "maisons" (logements ouvriers ?) sont construites à l’usine du Haut en 1854 et en 1865, ainsi qu’un magasin en 1872. En 1868, la tréfilerie est équipée de 282 bobines. Un "Etat des logements de l’usine" daté de 1869 précise que la société possède 68 logements, constitués pour l’immense majorité de deux pièces, pour un effectif de 123 ouvriers. En 1883, l’effectif est de 145 hommes, 23 femmes, deux filles mineures et sept enfants.

Vers 1902, une turbine de 30 chevaux couplée à une dynamo est mise en place à l’usine du Haut. Vers 1908, un atelier de réparation équipé d’une turbine de 27 chevaux et deux turbines couplées de 105 et 195 chevaux sont installées au Moulin-Neuf. Entre 1899 et 1919, la direction de l’établissement est assurée par Gustave Thomas. La fabrication de clous est arrêtée en 1928 et la tréfilerie n’emploie plus que 60 personnes en 1930. L’usine est cédée en 1938 à la Société Lorraine des Aciéries de Rombas.

Une partie de l’usine du Haut est détruite par un incendie en 1940. Entre 1946 et 1948, les bâtiments sont occupés par la STIVEL (Société de tournerie industrielle de Vuillafans), qui fabrique des manches d’outils. Le site de l’usine du Haut est acquis en 1950 par la société Gaz et Eaux, filiale de la Lyonnaise des Eaux. Elle implante une station de pompage, et la plupart des ateliers sont rasés en 1957-1958. En 1983-1984, la société Gaz et Eaux fait construire une petite centrale hydroélectrique équipée d’une turbine de type Kaplan et d'une génératrice de 950 kW.

Le laminoir du Moulin-Neuf, qui produisait des fers à béton, est arrêté en 1942. Il a été démoli en septembre 1981, mais les deux turbines installées vers 1910 ont été conservées sur place, ainsi que leur volant d’inertie.