Le prieuré est fondé en 1190 par les seigneurs de Chatillon-en-Michaille sur l'emplacement d'un établissement monastique ; il est placé dans l'obédience de l'abbaye de Saint-Claude ; en 1231, les sires de Chatillon-en-Michaille renoncent définitivement au prieuré et celui-ci devient un bien de l'abbaye de Saint-Claude ; en 1525, le prieuré de Cuttura est mis en commende ; en 1639, il est saccagé par les Français ; en 1652, Simon Borrey, chanoine de Besançon et prieur des Bouchoux, refait à neuf les bâtiments ; en 1740, le prieuré fut rattaché au diocèse de Saint-Claude devenu siège épiscopal ; à la suite d'une demande du chapitre de Saint-Claude il fut supprimé en 1742 ; il fut vendu nationalement en 1790 à Gaspard Bussod, notaire ; d'après Dom Benoît le prieuré comportait en 1652 une cour aux angles de laquelle étaient 2 tours à 3 créneaux, percées de meurtrières, d'une église, d'un cimetière, d'une maison seigneuriale, d'un bâtiment d'habitation pour les religieux et d'une maison de fermiers ; toutes les chambres étaient voûtées en pierre ; il ne reste aujourd'hui qu'une tour transformée en oratoire en 1942, et des vestiges de la maison prieurale remaniée pour les besoins des agriculteurs qui l'occupent ; sur la tour a été fixée au-dessus de la porte une pierre datée 1769 et ornée d'une mitre d'évêque, pierre qui formait le voussoir d'une porte cochère de la façade postérieure