L'histoire de la gare d'eau se décline en plusieurs dates. 1° - 1840 : après une pétition des « négociants intéressés à la navigation du canal de Bourgogne, de la Saône et du canal du Rhône au Rhin », voeux du conseil municipal pour l'établissement d'une gare d'eau. 2° - 1841-1842 : avant-projets pour l'établissement d'une gare d'eau. Pour son implantation, Delaporte, ingénieur en chef du canal de Bourgogne, propose l'embouchure du canal dans la Saône, au sud-est du canal, entre la ville de Saint-Jean-de-Losne et Saint-Usage. Laval, ingénieur en chef de la navigation sur la Saône, donne la préférence à un emplacement situé en aval et au sud-ouest du canal. Darcy, ingénieur en chef du département, approuve l'emplacement proposé par l'ingénieur en chef du canal. Le préfet de Côte-d'Or propose de déclarer d'utilité publique les travaux avec les modifications demandées par la commission d'enquête (augmentation de la largeur de la gare de 20 m du côté de Saint-Usage afin de la rendre propre à recevoir 400 bateaux). 3° - 1842 : une ordonnance royale déclare la gare d'eau d'utilité publique. 4° - 1843 : rédaction des projets par l'ingénieur Delaporte. 5° - 1844 : acquisition des terrains nécessaires et adjudication des travaux à l'entrepreneur Pierre-Alexis Lefebvre, de Chalon-sur-Saône, d'après le projet dressé en 1843. Elle sera résiliée en 1846. 6° - 1847 : reprise des travaux de la gare d'eau par l'entrepreneur mâconnais Laurent Jacquelot. 7° - 1849 : travaux d'achèvement. 8° - 1851 : ouverture du chenal de communication entre la Saône et la gare d'eau de Saint-Jean-de-Losne. Travaux exécutés par Jacquelot sous la direction de Ruinet, ingénieur ordinaire.