D'après leTableau des rectangles navigables des ponts de la Saône de Gray à Lyon (3 S 44) dressé le 3 novembre 1910, cet ouvrage a été construit en 1855. Il est alors doté de 8 travées à poutres droites métalliques. Un procès-verbal de conférence concernant l'établissement d'une banquette de halage sous la 1ère travée de droite du pont de chemin de fer a été dressé en 1868 (12 S1 a 23). L'ingénieur Anus expose que ce viaduc intercepte le chemin de contre-halage de la rive droite. Il est donc proposé de construire une banquette de 2 m de largeur. Ce projet a été validé par le commandant du Génie militaire car il se situe en limite des fortifications de la ville. Le 5 juillet 1879, les travaux pour l'établissement d'une banquette de halage le long d'un bastion à Auxonne sont adjugés sur un projet dressé par Variot. Le tablier en fer a été remplacé en 1911-1912 par un tablier en acier (archives conservées à la subdivision V.N.F. de Gray). De nouveaux travaux ont été conduits par Réseau Ferré de France en 2012.