D'après Sécula, l'église paroissiale a été fondée en 1233, à la demande d'Alix de Vergy (jusque-là c'était la chapelle castrale qui endossait cette fonction) : le chœur, les chapelles et le premier transept (non saillant) datent de cette période. La chapelle castrale était déjà placée sous le vocable de saint Jean-Baptiste. Une deuxième vague de construction semble avoir eu lieu à la fin du 13e ou au début du 14e siècle, marquée par l'agrandissement du transept, dorénavant très saillant. Il est fortement possible que cela réponde aux besoins du village alors en plein essor. D'autres remaniements ont lieu au milieu du 15e siècle, principalement au niveau de la chapelle nord dédiée à la famille Mâchefoing. L'église est protégée au titre des Monuments historiques depuis 1862. Les travaux de restauration conduits par l'architecte Charles Suisse à la fin du 19e siècle et au début du 20e siècle ont été les plus importants, permettant de remédier aux problèmes de stabilité et à la situation alarmante dans laquelle se trouvait l'édifice.