Au 18e siècle, un port au bois s'installe au faubourg Rivotte, sur la rive gauche du Doubs : là arrivent les bois de chauffage (environ 100 000 stères en 1811) et de construction, de là partent les radeaux de " grands bois " destinés aux chantiers de construction navale de Marseille. Il se divise en un " petit port ", vers la Porte taillée, et un " grand port ", vers la porte Rivotte, tous deux réduits à un terrain en pente douce au long de la rivière. Par lettres-patentes du 17 octobre 1735, la municipalité se voit confier le soin d'y organiser la réception des bois de chauffage (livrés par flottage), leur stockage et leur vente. Elle y entretient les " arrêts ", cordages barrant le cours d'eau pour arrêter les bûches, fait bâtir un mur isolant le chantier et, en 1782, un magasin avec logement pour le commis. En 1883, elle demande au service de la Navigation de construire, entre l'entrée du tunnel récemment creusé sous la citadelle et la porte Rivotte, un perré (mur incliné) servant de quai. Le projet de l'ingénieur des Ponts et Chaussées Paul Schoendoerffer est réalisé par l'entrepreneur François Marron. Le port accueille les installations de la Compagnie générale de navigation HPLM (Le Havre-Paris-Lyon-Marseille), constituées en 1918 d'un magasin, un ponton et une grue à bras de 600 kg (une grue électrique sera signalée en 1931). Toutefois, à partir de 1883, la concurrence du port au bois des Près-de-Vaux, mieux adapté aux transbordements et en liaison directe avec la voie ferrée, conduit à sa désaffectation progressive. Il est remplacé en 1910 par la gare du chemin de fer d'intérêt local de Besançon à Amathay-Vésigneux, le port se réduisant alors au terrain de la compagnie HPLM. Envisagée dès 1897, concédée en 1899 aux frères Laborie (qui fondent la Compagnie des Chemins de Fer du Doubs en 1908), cette ligne est bâtie de 1906, date de la déclaration d'utilité publique qui lance les travaux, au 6 août 1910, date de sa mise en exploitation. Desservant le port par une voie de 142 m, la gare comporte un bâtiment de voyageurs, un entrepôt de marchandises et un atelier d'entretien et réparation des locomotives. La ligne ferme en 1951 et le Conseil général installe sur le site la Régie des Transports du Doubs (compagnie de bus). La municipalité projette de construire sur le terrain restant un ensemble de 132 appartements en 2 bâtiments HLM, suivant un projet de juillet 1954 des architectes F. Barres, A. Jaboeuf et J. Robert. Elle renonce finalement à ce projet et échange, avec la Chambre de Commerce et le service de la Navigation, ce terrain contre un autre le jouxtant, au pied de la tour bastionnée proche, où elle installe en 1956 les bâtiments préfabriqués d'une école maternelle, et contre un second juste en amont du moulin Saint-Paul, qu'elle aménage en camping (actuel parking Saint-Paul). La Chambre de Commerce rend au site sa vocation initiale : elle en fait une extension du port fluvial dédiée aux charbons, sables et graviers, y établissant un mur de quai et le dotant d'une grue automotrice sur pneus. L'ensemble des bâtiments est rasé en 1993, en prévision de la construction du tunnel routier sous la citadelle. L'école maternelle a cédé la place à un petit espace de jeu et le port à un rond-point routier. Le bord du Doubs a été réaménagé en promenade, qui fait le lien avec le " petit port " du 18e siècle devenu parking et station de bus, et doté de points d'alimentation électrique pour le stationnement de quelques bateaux.