Si l'écluse de Saint-Paul est mise en service en juin 1832, il faut attendre six ans de plus pour que la maison éclusière soit réalisée. En effet, sa construction relève des travaux pris en charge par le Génie militaire pour lequel son emplacement (sur le rempart ou à l'extérieur ?) et sa forme (bâtiment fortifié ou non ?) posent problème en rapport avec la défense de la place. L'ingénieur en chef des Ponts et Chaussées Corne préconise une communication facile entre la maison et l'écluse, ce qui revient à l'implanter non sur le rempart - comme proposé par le Génie - mais sur l'île située entre rivière et canal, au milieu de la crête de la fausse-braie, une passerelle métallique reliant les deux ouvrages. Dite conforme aux plans élaborés le 30 mai 1837 par le capitaine du Génie Réguis et s'inspirant pour ses dimensions de celle de Velotte, la maison est remise le 12 juin 1838 par les officiers du Génie à l'administration du Canal du Rhône au Rhin. Par la suite, une remise est édifiée contre le mur pignon nord-ouest et un four (aujourd'hui disparu) ménagé contre l'autre pignon. 72 ans plus tard, la maison est dans un état de vétusté tel que sa reconstruction est envisagée. D'autant plus que la crue du 21 janvier 1910 a mis en évidence l'inefficacité du système d'annonce des crues, confié à l'éclusier de Saint-Paul qui, isolé par les flots dans sa maison, ne put atteindre les échelles hydrométriques placées à la tête aval de l'écluse, ni la ville. L'ingénieur des Ponts et Chaussées Blaise propose donc de la rebâtir sur le rempart, option validée par le Génie en 1912. Adjugés le 25 avril 1914 à Léon Simplot, entrepreneur à Byans-sur-le-Doubs, les travaux sont ajournés pour cause de guerre puis, en 1919, reportés du fait d'une augmentation de leur montant jugée excessive (+ 185 %). Par son courrier du 18 août 1924, le ministre des Travaux publics tranche en ordonnant la fermeture de l'écluse - considérée inutile depuis le creusement du tunnel sous la citadelle - et le transfert du poste d'observation et d'annonces des crues à l'écluse n° 50 N, à Tarragnoz. Réparée par la suite, la maison sert de logement de fonction jusque vers 1995. Restaurée en 2004, c'est actuellement l'espace technique et de vie de la halte nautique aménagée sur le canal, entre l'écluse et le pont de la République.