L'ouverture du canal du Rhône au Rhin à la navigation en 1833 pose la question de l'aménagement de ports (autres que celui de Chamars) dans la " boucle " même du Doubs à Besançon. Le chemin de halage étant établi rive gauche, les ports doivent se trouver sur l'autre rive, ce qui remet d'actualité les projets élaborés depuis le début du 18e siècle pour construire un quai régularisant cette rive et évitant inondations et épidémies. En 1844, le Conseil municipal approuve le projet de l'architecte de la ville Delacroix d'établir un quai, allant de la tour de la Pelotte au bastion de la rue d'Arènes, avec une " grève marchande " de 27 m de large entre la tour et la rue Mayence. Ce projet reste sans suite. Le service des Ponts et Chaussées en rédige lui aussi, dont ceux de l'ingénieur de la Navigation E. Maire en 1849 et de l'ingénieur Auguste-Napoléon Parandier au début des années 1850. Ce dernier prévoit, outre les quais et un nouveau pont, un port de commerce à l'arrière de la tour de la Pelotte (perpendiculaire au Doubs et bordant une " gare et bassin pour le transbordement des marchandises du chemin de fer sur la voie navigable et vice versa "), deux ports à gradins (port Battant, allant de la tour à la rue Mayence avec un " magasin pour entrepôt libre et entrepôt douanier " vers cette rue, et port d'Arènes, occupant la moitié de la longueur du quai côté bastion) et deux " trails pour passe-cheval ". Ajourné, le projet est de nouveau présenté en juillet 1861 par Parandier et Cuvinot, qui signalent qu'entre-temps le port d'Arènes a été réalisé au droit de son magasin par un négociant, Déprez. Ils proposent l'abandon des gradins et le remplacement des murs verticaux par des perrés. Dans sa séance du 8 juillet 1862, le Conseil municipal se prononce favorablement sur cette proposition, associant quais et port de 150 m sur 11, 80 m, et s'engage à financer le tiers du coût total. Les deux tiers restant sont à la charge de l'Etat, qui déclare les travaux d'utilité publique par le décret présidentiel du 12 août 1863. Oeuvre de l'entreprise Morel, la partie en amont du pont Battant, incluant l'actuel port de Strasbourg, est achevée en 1864 (en 1870, le quai Napoléon sera rebaptisé quai de Strasbourg en hommage à la résistance de cette ville face aux prussiens). Permettant le stationnement de 2 bateaux à la fois (sans compter le bateau-lavoir qui s'amarre immédiatement en amont de lui), le port est suffisant pour des dépôts de courte durée, "les marchandises n'étant pas destinées à être vendues sur place, mais au contraire à être chargées immédiatement dans les bateaux ou à être transportées, sitôt après leur débarquement, chez les négociants et les particuliers". Sur la période 1896-1901, le trafic y est faible : 417 t en moyenne chaque année. En 1901, le port est jugé peu spacieux et submergé par les moindres crues. Il sert maintenant de parking.