Présent sur le cadastre napoléonien de 1839 autour de la chapelle Saint-Maurice, le cimetière est agrandi par décision du conseil municipal en date du 13 février 1865. Parmi les arguments avancés est mise en avant l’augmentation de la population liée à l’activité des forges au hameau de la Ferrière.

On confie à L. Girod, architecte à Pontarlier, le soin d’en dresser les plans. Pour des raisons économiques mais aussi « pour ne pas prodiguer dans un lieu solitaire, un luxe inutile » l’architecte pontissalien opte pour « une clôture simple mais solide et durable » en réutilisant des pierres de la partie démolie. Les autres moellons nécessaires à la construction proviennent de la carrière des Enchaux, située sur la commune. Dans son devis instructif du 24 janvier 1866, l’architecte L. Girod demande que « les murs soient couverts en petits bardeaux préalablement soumis à deux immersions répétées dans un bain de sulfate de cuivre ». Quant à l’entrée, alors unique, elle est cantonnée de deux pilastres et fermée par une grille que l’architecte veut du même style que la chapelle romane. Les croix en amortissement, précise-t-il, seront en pierre de Mouchard et seront exécutées « sur dessin fourni par l’architecte, par un sculpteur de profession ». Les travaux sont adjugés à l’entrepreneur, Dominique Goulot de Jougne, pour la somme de 5 209,54 F.

Depuis sa construction ce mur d’enclos a perdu sa couverture en bardeaux et une seconde entrée a été créée. Dans la partie « neuve » du cimetière, contre le mur nord, se dresse l’ossuaire des soldats morts lors de la Première Guerre mondiale dont Paul Robbe, architecte de Pontarlier, exécute les plans en juillet 1924. Ce dernier a fourni quelques mois plus tôt les plans du monument commémoratif au centre du village. Les tombeaux des grands propriétaires terriens de la commune occupent la partie centrale du cimetière tandis que les autres sépultures se partagent l’espace au gré des concessions arrivant à expiration.

Les tombes individuelles comportent une dalle funéraire et une stèle sur laquelle est parfois gravé le lieu d’origine du défunt : par exemple, Emmanuel Pagnier, né à Foncine-le-Haut le 4 octobre 1795 et décédé à la Ferrière le 3 février 1866, est peut-être un ouvrier venu travailler aux usines Vandel. La profession n’étant jamais indiquée, le décor est constitué de motifs impersonnels liés à la mort : couronne d’immortelles, main tenant une couronne de fleurs, bouquet de roses, tête de personnage couvert d’un voile, sablier et oiseaux de nuit, guirlandes et corbeille de fleurs, feuilles de lierre symbolisant l’éternité, croix entourée de roses. Il y a cependant quelques exceptions lorsqu’il s’agit d’une fonction particulière, celle d’un ecclésiastique, dont la stèle se distingue par la présence d’un calice et d’une hostie ou celle d’un militaire, dont la stèle est ornée de bâtons de commandement entrecroisés ou encore celle d’un franc-maçon. Enfin, la stèle donne des indications concernant l’auteur, sculpteur ou fondeur. On constate que mise à part la maison Guillin de Mouthier, les habitants de Jougne font appel à des marbriers de Pontarlier : Vermot, Arnaud, Giroud, Vial, Prenez. Deux des croix en fonte proviennent l’une de la fonderie de Brousseval dans les Ardennes et la seconde de celle des frères Corneau en Haute Marne.