La construction d'une nouvelle église sur la place de la mairie s'avère nécessaire du fait du mauvais état et de l'exiguïté de l'église paroissiale Notre-Dame de la Nativité, dite Notre-Dame du Crotot, qui s'élève au sommet de la Citadelle. En 1788, le Grand maître des Eaux-et-Forêts autorise la commune à vendre son quart de réserve de bois afin de financer la nouvelle construction. Dans le même temps, il demande à Anatoile Amoudru, de Dole, d'en dresser les plans. Ce dernier s'exécute le 31 mai de la même année. Le coût des ouvrages dépassant de loin les moyens alloués, l'architecte diminue d'un douzième les dimensions de l'édifice, portant ainsi le devis estimatif à 62 205 livres. L'adjudication des travaux a lieu le 20 septembre 1788 au profit de Claude-François Despland, entrepreneur à Morteau. Mais avant même leur début, ce dernier entre en conflit avec la municipalité. En octobre 1789, l'architecte Claude-Joseph-Alexandre Bertrand réalise à son tour des plans qui seront modifiés postérieurement. Ils sont acceptés au printemps suivant. Il implante son bâtiment à l'emplacement C du plan de situation qu'il dessine à l'occasion. Deux projets coexistent désormais. Cependant, le procureur de la commune demande que soit érigée l'église d'Amoudru et ce, à l'emplacement A de ce plan. En novembre 1790, les citoyens sont convoqués pour choisir et se rallient, eux aussi, à ce même projet, moins coûteux et surtout mieux situé par rapport à la place du marché. Pour ce faire, les maisons des sieurs J. Belfort, C.F. Bousson, J.C. Billot, A. Briseux et de la veuve Tournoux sont acquises et dès le mois de février 1791, Mercier Despland en commence la démolition. En octobre, l'église d'Amoudru a 13 pieds de haut (environ 4,20 m), fondations comprises. La construction est stoppée définitivement à la fin 1791, par suite de la faillite de l'entrepreneur. S'ensuivent de multiples procès pour l'obliger à rembourser les sommes indûment perçues et à poursuivre les travaux. En vain. Ils ne reprendront jamais, la commune n'ayant plus les ressources financières nécessaires. Au 19e siècle le projet d'un nouvel édifice de culte refait surface. Le 1er mai 1825, l'architecte Painchaux, de Besançon, fournit le devis d'une église prévue à l'endroit où Amoudru avait commencé la sienne quelques décennies auparavant. Mais aucune suite n'est donnée faute de moyens. En effet, la municipalité s'engage, à partir des années 1830, dans d'ambitieux travaux d'aménagement : fontaine-lavoir de la Citadelle, fontaines-abreuvoirs de la mairie et de Rougemontot, lavoir couvert, mairie et halle au blé. Il ne reste plus aujourd'hui que des bases de colonnes de l'église d'Amoudru disposées sur la place du Marché lors de son réaménagement au 19e siècle.