Un château est établi dans le troisième quart du 13e siècle dans la partie nord de l’île par la famille de Neufchâtel. Vendu comme bien national, le site est acquis en 1795 par les maîtres de forges Pierre-François et Jean-Louis Bouchot. Ils démolissent une partie des remparts et des tours pour établir une "manufacture de fils de fer", mise en jeu par les eaux du Doubs. Seule est conservée la porte d’entrée fortifiée. Acquéreurs en 1793 des forges du Moulinot (fondées au sud du village en 1684), les frères Bouchot y transfèrent également une partie de l'activité. Le roulement de l’établissement métallurgique est autorisé par un arrêté du 13 thermidor an VII. Un feu de forge et un martinet sont attestés en 1811, le fer produit étant transformé sur place en fil de fer. En 1824, l’effectif est de 44 ouvriers logés dans l’usine : 6 au gros marteau, 4 au martinet, 25 à la tréfilerie, 3 à la chaînerie et 6 à la fabrique de pointes de Paris. L’usine produit annuellement 80 tonnes de fil de fer et consomme 1200-1500 m3 de bois et 20 tonnes de houille. En 1832, l’usine se compose de deux logements d’ouvriers, d’un logement de maître, d’une halle charbon, d’une tirerie, d’une tréfilerie, d’un feu de forge avec cylindres, d’un atelier de charpentier et d’un magasin. Elle emploie une soixantaine d’ouvriers vers 1840 et 80 vers 1845. En 1846, Bouchot fils cède l’usine pour 415 000 francs à Japy Frères, qui en prend possession en mai 1847 pour la convertir en fabrique de visserie-boulonnerie. La forge est détruite et laisse place en décembre 1847 à un nouvel atelier comprenant les feux de forge, martinets et cylindres permettant la fabrication de fil de fer et de vis à bois. Les travaux sont menés par les entrepreneurs en bâtiment Rey et Pascal, et le charpentier Zimmermann, sous la direction de l’architecte François Michaux. Les équipements techniques (trains de cylindres, martinets, tréfilerie) sont installés par l’ingénieur Minari, des Ateliers de constructions mécaniques Guillemin, installés à Casamène (Besançon). Les six roues hydrauliques sont remplacées par six turbines de type Jonval-Koechlin (sur sept prévues). Fabriquées par la société André Kœchlin (Mulhouse), elles développent une puissance théorique de 200 chevaux et permettent d’actionner la tréfilerie, la visserie, les deux trains de cylindres, les deux martinets, les machines de boulonnerie et la machine soufflante. Le décret du 27 juin 1849 autorise la société à maintenir en activité son usine consistant en "deux foyers d’affinerie au charbon de bois (dont un en remplacement d’un foyer de martinet autorisé en 1799) avec 6 fours à chaleur perdue, un four à réverbère chauffé à la houille, une tirerie et une tréfilerie (dont 1 paire de cylindres), les machines soufflantes et appareils de compression nécessaires à la fabrication et à l’étirage du fer […]". L’usine consomme annuellement 200 tonnes de fonte provenant des hauts fourneaux de Clerval (IA25001089) et de Haute-Saône, 1000 m3 de charbon de terre, et produit 160 tonnes de fer "en barreaux destinés à être transformés en verge de tirerie". Dès le mois d’avril 1848, elle fabrique 12 000 grosses de vis embouties et tournées (soit 1,7 million d’unités), qui sont envoyées dans les usines Japy de Beaucourt (90) pour y être fendues et filetées. Une halle est charbon est édifiée sur le site en 1850. L’usine sera dirigée pendant 31 ans par Louis Meiner, fils du maître de forges Charles Louis Meiner et de Rosalie Japy. Une société de secours mutuel est créée en 1852, et une société de musique en 1854. Par décret du 19 janvier 1854, la société Japy Frères est autorisée à ajouter deux foyers d’affinerie et un nouveau marteau. Elle projette de fabriquer 450 tonnes de fer en barres destinés à être convertis en fil de fer, vis à bois et boulons, à partir de 600 tonnes de fontes en provenance des hauts fourneaux de Haute-Saône et du Jura. En 1855, l’établissement métallurgique comprend cinq feux d’affinerie (le cinquième a été ajouté en 1854), un four à réverbère, un train de cylindres à étirer la verge et les petits fers, une tréfilerie de fil d’acier et des ateliers de vis à bois et de boulons. En 1856, les frères Japy demandent l’autorisation d’installer une machine à vapeur pour actionner un marteau pilon de 1800 kg récemment installé. L’atelier abritant la tréfilerie, l’emboutissage à froid et la visserie est détruit par un incendie en mars 1857. Aussitôt reconstruit d’après les plans de l’architecte François Michaux, il consiste en "ateliers au rez-de-chaussée avec galeries au pourtour des murs formant étage". L’établissement est complété de deux feux d’affinerie en 1862 et 1867 (soit sept au total), d’un second marteau pilon à vapeur en 1867, de trois fours à recuire et d’un atelier de décapage pour le fil de fer. L’atelier de tréfilerie est équipé par la même société Guillemin. En 1859, une nouvelle demande porte sur l’établissement d’une machine à vapeur de 15 chevaux pour actionner un "marteau à cames". L’usine emploie alors entre 400 et 500 ouvriers. L’installation d’une machine à vapeur de 50 chevaux des Ets André Koechlin (Mulhouse, 68) est autorisée par arrêté préfectoral le 6 mars 1860. A cette époque, la puissance hydraulique développée par les sept turbines est de 370 chevaux. En 1866, une machine à vapeur de 150 chevaux et trois chaudières sont commandées aux Ets André Kœchlin afin de suppléer les moteurs hydrauliques en période d’étiage. Outre le local pour accueillir ces équipements, un atelier d’emboutissage à chaud est également construit en 1866, tandis que l’atelier de boulonnerie, déjà "doublé" en 1862, est de nouveau agrandi en 1870-1871. Une usine à gaz permettant d’éclairer les ateliers (au gaz de houille) est installée en 1869. En 1878, l’usine produit 920 tonnes de boulons et 1050 tonnes de visserie. L’atelier principal est gravement endommagé par un ouragan en décembre 1879 (chute d’une cheminée). Dans les années 1880, l’usine connaît divers agrandissements : ateliers d’ajustage, d’emboutissage et de découpage des écrous, magasin d’expédition, usine à gaz, pont bascule, magasin de fer et des pompes à incendie. Elle emploie alors 600 ouvriers. Le régime hydraulique des usines métallurgiques et du moulin en aval (IA25001079), propriété de Japy Frères, est de nouveau réglementé par le décret du 6 janvier 1886. Un "atelier des tambours à éclaircir" et un atelier d’emboutissage sont construits sur le site en 1893, puis un hangar en 1897. Un nouvel atelier, pourvu d’un étage carré et couvert de sheds, est bâti à l’entrée du site en 1911-1912. En 1914, l’usine, comprenant également la production du site des Boillots (IA25001078), produit plus de 50 millions de pièces par mois, et emploie 760 ouvriers. Les trois sites Japy de la commune emploient 980 ouvriers en 1926. La production est ensuite partiellement transférée dans une nouvelle usine construite au sud vers 1920 (IA25001080). L’établissement ferme ses portes en juillet 1930, mais fait encore office de centrale hydroélectrique, puisque les turbines, couplées à des alternateurs, sont en service en 1937. A cette date, les trois sites de l’Isle-sur-le-Doubs emploient encore 550 ouvriers. Les bâtiments, désaffectés, ont été achetés par la commune en 1984. Laissés sans entretien, ils ont été démolis en 1997, à l’exception de l’atelier construit en 1911 et de la base de la tour d’entrée du château, pour laisser place à un parc.