La fromagerie est construite en 1927-1928 pour le compte de la société coopérative de production laitière d’Etalans. Cette construction vise certainement à centraliser la fabrication au centre du village, afin de remplacer les deux fromageries des hameaux de L’Ejus-Bermotte (au nord) et d'Oupans (au sud). En 1841, ces dernières fabriquaient, avec une production annuelle de 150 000 litres de lait, 15 tonnes de fromage vendu à Lyon et à Paris. En 1873, elles produisaient respectivement 12 000 et 9 000 kg de fromage, et 1642 et 1460 kg de beurre. Vers 1930, la fromagerie est louée à l’industriel Charles Morel, qui achète le lait aux sociétaires, puis fabrique et commercialise de l’emmenthal.

Après la Seconde Guerre, la fromagerie passe en « gestion directe » : la coopérative salarie un fromager et commercialise la production, qui se spécialise dans le comté dans les années 1970. La fromagerie est modernisée en 1976, entraînant notamment l’abandon du soutirage du caillé « à la toile » par un groupe de soutirage sous vide. En 1982, la fromagerie traite 2,48 millions de litres de lait. En 1990, la fusion avec la fromagerie de Charbonnières-les-Sapins permet d’accroître cette quantité de 2 millions de litres (25 producteurs). En 1994, les trois cuves de 2400 litres sont remplacées par quatre cuves de 4000 litres, de marque Chalon-Mégard. Une palette de pressage de 48 places est également mise en place. Trois caves de pré-affinage, équipées d'un robot de retournement et de salage, sont construites en 1997 contre le mur-pignon est.

En 2011-2012, deux nouvelles caves complètent cet ensemble, ainsi qu’une boutique et des garages construits contre la façade nord. Les travaux ont été réalisés par l'agence d'architecture Artica (Dole, 39). Aujourd’hui, la fromagerie traite annuellement 4,6 millions de litres de lait transformés en 11 500 meules de comté. La coopérative compte 17 sociétaires et emploie 3 personnes à la production et 4 à la vente. L’affinage est assuré par la société Monts et Terroir (Poligny, 39).