Le moulin est mentionné en 1584. Il figure sur la carte de Cassini (1760) sur la rive gauche du barrage sur le Doubs, en face du moulin de Montferrand en rive droite. Propriété de Jacques Biget, il est détruit par un incendie en 1844 puis reconstruit en 1845-1846. Acquis en 1850 par Jacques Roland, le moulin est agrandi en 1856. Il s'associe un temps avec E. Contet mais la société est dissoute en 1878. Le moulin dit de commerce emploie six hommes en 1883. Converti en minoterie en 1886, l'établissement est équipé de quatre appareils à cylindres doubles et cinq paires de meules, le tout actionné par trois turbines. Vers 1891, la Soudière de Besançon, propriétaire de l’usine installée à l’emplacement du moulin de Montferrand (IA25001699), achète le moulin et le convertit en usine de production d’énergie. Equipée de trois turbines, elle alimente la soudière en énergie motrice via un câble télédynamique qui franchit la rivière. Elle alimente l’usine de blanchiment de coton au début du 20e siècle. Juste après la Première Guerre mondiale, de nouveaux bâtiments sont construits, vraisemblablement pour suppléer l’activité de l’usine en rive droite : atelier d’emballage, atelier de cordage (ou cardage ?), magasin à coton, bâtiment du "collage et du séchage". La société anonyme cotonnière d’Etampes et de Thoraise est mentionnée dans les années 1920. Les bâtiments sont aujourd’hui désaffectés.