Spécialisée dans la fabrication de matériel dentaire, l’usine, composée d’un logement flanqué de deux ateliers, est construite vers 1935. Son fondateur, Etienne Garnier, avait fondé un atelier de mécanicien et d'outillage d'horlogerie en 1905 au n°8 rue de l’Orme de Chamars à Besançon. En 1907, il mettait au point, puis commercialisait en 1910, une machine à tailler les tire-nerfs (instruments de chirurgie dentaire), dont il industrialisait la production. En 1929, Marcel venait suppléer son père. L’année suivante, l’atelier, qui employait dix personnes, était transféré 22 avenue Carnot, et la marque MicroMega était déposée au bureau international des marques (devenue Micro-Mega en 1935). En 1933 était créée la SARL des Ets Garnier et Fils, spécialisée dans la fabrication d’outillage dentaire, et dont le siège social était fixé au 22 rue Carnot. En 1934, Etienne Garnier démissionnait et laissait la gérance à Marcel, lequel transférait le siège social et la production dans le nouvel établissement rue du Tunnel. En 1935, Marcel Garnier décide de diversifier sa production et investit des moyens pour fabriquer des "pièces à main" (support, équipé d’un moteur, sur lequel on fixe des instruments rotatifs), dont elle sort différents modèles avant la Seconde Guerre. En juin 1939, l’architecte bisontin Gaston Parini, installé 14 rue du Lycée, propose un projet d’extension (atelier en rez-de-chaussée). L’entrée en guerre empêche la réalisation des travaux.

En 1946, l’architecte bisontin Jean Arbaret (7 rue du général Lecourbe) propose un nouveau projet de reconstruction et d’extension de l’atelier de fabrication. A cette époque, la société emploie une trentaine d’ouvriers. A partir de 1958, la société Garnier travaille pour l’export. En 1961, les Ets Etienne Garnier et Fils deviennent la société anonyme Micro-Mega et une nouvelle usine (dite B) est construite en face, au 12 rue de Tunnel. Les travaux de maçonnerie sont confiés à l'entreprise de maçonnerie Contini. En 1968, l’usine-mère, dite A (au n°5), est agrandie au nord, avec la construction d’un atelier de décolletage, complété de bureaux. A cette date, la société emploie 250 personnes (contre 120 en 1962). En 1970 est fondée la société Micro-Mega Suisse, qui ouvre un atelier d’usinage de fabrication des instruments à canaux à Genève. Un nouveau bâtiment (dite usine C) est construit en 1973-1974 au n°14 rue du Tunnel, jouxtant l'usine B. La société emploie alors 430 personnes, dont 380 à Besançon. Un atelier de décolletage (Baume-Décolletage) est ouvert en 1975 à Baume-les-Dames pour la fabrication des instruments à canaux. Outre le matériel dentaire (tire-nerfs, pièces à main, contre-angles, broches), la société fabrique des micromoteurs électriques (dès 1964) et de l’outillage à main (aiguilles d’épilation). L’usine B est agrandie au nord vers 1990 (actuelle salle blanche). L’effectif de la société atteint 250 salariés en 2005.

Les ateliers et services établis au n°5 ont été transférés dans l’usine B-C en 2016-2017. En 2018, l’usine bisontine emploie 170 personnes et poursuit la fabrication d’instruments canalaires (broches, limes, tire-nerfs, racleurs, etc.). Le site A (n°5) est actuellement désaffecté.