La fromagerie communale de Combe-la-Motte est bâtie en 1905-1906 et dotée d'une porcherie vers 1909. La commune compte au début du 20e siècle au moins deux fromageries fabriquant de l'emmental : celle-ci et celle de Colombière ; une statistique de 1851 mentionnait quatre fruitières : une à la Motte (produisant 8,5 t de fromage avec le lait de 105 vaches), une à la Combe (5,5 t et 55 vaches) créée en 1770, une à Colombière (9 t et 95 vaches) et une au mont Bobillier (3 t et 40 vaches) fondée en 1848. Les bâtiments font dès 1911 l'objet de travaux d'aménagement par Jean Barassi (entrepreneur à Gilley) et Martignoni (entrepreneur à Morteau), suivant un projet de l'architecte René Chavanne (1867-1941), de Pontarlier (auteur de la fromagerie ?). Peut-être agrandie vers 1916 (?), cette dernière l'est de nouveau en 1924 (avec en outre extension de la porcherie et construction d'une remise), par Jean Martignoni, suivant un projet d'Albert Rouch (1886-1979), architecte à Besançon (représenté par Chavanne lors de la réception définitive des travaux, le 30 août 1924). Après incendie le 30 novembre 1925, le bâtiment est partiellement reconstruit en 1926 et 1927 par les mêmes Chavanne et Martignoni. Il est électrifié en 1929 et équipé d'un moteur de 4 ch, des Ateliers d'Orléans (de la Cie générale d'Electricité), fourni par la Société électrique de Morteau. En 1930, une cave annexe (14 x 4,50 m) lui est ajoutée, accolée à celle existante. En 1982, la société de fromagerie réunit 24 sociétaires, dont trois de Morteau, et traite 2 500 000 l de lait. Elle vend ses emmentals à l'Union coopérative fromagère de Franche-Comté (UCFFC), dont le siège est à Besançon mais qui est en liquidation à cette date. La porcherie est en grande partie démolie vers 1989 (entre le 26 juillet 1988 et le 31 mai 1990) et seul subsiste le tiers ou le quart du bâtiment. En 1996, ils sont encore quinze associés qui fournissent jusqu'à 8 000 000 l de lait au fromager, employé par l'Union agricole comtoise (UAC), laquelle affine les fromages. L'établissement ferme à la fin de l'année et est vendu à un menuisier-charpentier, qui y installe son atelier. C'est actuellement une habitation.