L’habitat permanent à Bellefontaine est assez tardif (13e et 14e siècle), il est lié au défrichage des forêts organisé par l’abbaye de Saint-Claude.

La production de fromage fut importante à Bellefontaine jusqu’à la 1ère moitié du 20e siècle. On dénombrait sur le territoire plusieurs fromageries - jusqu’à 4 en 1859 - qui produisaient 25 000 kg de gruyère en 1853. D’après un témoignage oral, la production cessa définitivement en 1989. Aujourd’hui, tous les bâtiments liés à cette activité sont transformés (pour la plupart en habitation), les agriculteurs de la commune apportent leur lait à la coopérative fromagère de Morbier ou à celle de Foncine-le-Haut.

Si l’activité agricole n’est plus dominante à Bellefontaine, les activités artisanales complémentaires et leurs dérivés sont toujours représentés sur la commune par l’usine de panneaux signalétique Girod située au Bas de Bellefontaine, et par un atelier d’horloges comtoises au lieu-dit le Clos.Une scierie est également en activité au centre du village, ainsi qu’un centre d’hébergement qui fonctionne avec l’activité touristique générée par le ski en hiver, et la randonnée, la découverte de la nature en été. Il est fait mention en 1835 d’un projet d’installation d’une tuilerie sur une tourbière située à Bellefontaine. L’autorisation préfectorale a été délivrée le 14 novembre 1835, il n’y a plus de trace du projet par la suite.