En 2002, le Conseil régional de Franche-Comté se voit officiellement transférer la compétence TER (trains express régionaux). Pour améliorer la desserte du lycée Paul-Emile Victor (situé 625 rue Gottmadingen), il demande à la SNCF de créer une nouvelle halte de voyageurs sur la ligne Andelot - La Cluse. Le quai est réalisé par l'entreprise Dole Frères, de Mièges (Jura), et l'abri par la société de construction métallique Serrurerie et Chaudronnerie rochoise (SCR), installée 13 rue du Repos à Roche-lez-Beaupré (Doubs). Réceptionnée le 29 juillet 2002, la halte est inaugurée en septembre de la même année, sous le nom de halte Paul-Emile Victor. C'est la seule halte nouvelle créée sur la ligne depuis le seconde guerre mondiale (si l'on fait abstraction de celle de Brion - Montréal-La Cluse, située sur le raccordement direct entre les voies Andelot - La Cluse et La Cluse - Bourg-en-Bresse).