L'aqueduc est construit entre le 21 février 1908, date de l'adjudication à l'entrepreneur Alphonse Trunel (de Château-des-Prés) du premier lot d'infrastructure de la section Morez - Saint-Claude, et le 20 juillet 1912, date de reconnaissance des travaux. La réalisation dans la vallée de la Bienne du projet des ingénieurs de la compagnie du PLM (Paris - Lyon - Méditerranée), dirigés par l'ingénieur en chef Paul Séjourné, a été approuvé par le ministre des Travaux publics le 4 juin 1903 mais nécessite la construction d'un nombre impressionnant d'aqueducs : pas moins de 74 (dont 71 voûtés), d'une largeur de 0, 70 m à 1 m, sous la voie et de 45 (dont 3 ou 4 voûtés), d'une ouverture comprise entre 0, 40 m et 1 m, hors de son emprise.