Les deux aqueducs sont construits entre le 9 juin 1881, date de l'adjudication du premier lot du tronçon Saint-Claude - Dortan à l'entrepreneur Constantin Gaya, de Charvonnex (Haute-Savoie), et mars 1886, date à laquelle ce lot, qui va de Saint-Claude à Molinges, en est aux travaux de parachèvement. La réception du tronçon, dont le projet a été défini par les ingénieurs des Ponts et Chaussées Toussaint et Picquenot (Paul ?), a lieu le 25 juin 1889 et son ouverture à l'exploitation le 10 juillet suivant. La descente d'eau du deuxième aqueduc, à droite de la voie, est peut-être aménagée en 1908. En effet, le 18 novembre de cette année, un arrêté préfectoral autorise la commune de Lavans-lès-Saint-Claude à établir une conduite d'eau reliant la source dite " Sous les Trouillères " à une fontaine du hameau de Lizon, et passant sous la voie ferrée.