Le 28 mai 1886, le ministre des Travaux publics valide le projet des stations entre Saint-Claude et Dortan. Il approuve la composition de celle de Lavans-lès-Saint-Claude, proposée de concert par les ingénieurs de la compagnie du PLM (Paris - Lyon - Méditerranée) et ceux des Ponts et Chaussées (Toussaint et Picquenot, ingénieur en chef remplacé par Moron en 1885) : bâtiment des voyageurs de 3e classe (correspondant au plan type du PLM annexé à la circulaire ministérielle du 26 avril 1880) avec latrines et abri, trottoirs de 100 x 4 m et quai de 20 m, couvert sur 10 m par un entrepôt du type " Halle à marchandises de 10 mètres de largeur ". Il précise : " Le trafic de cette station, d'ailleurs peu important, consistera surtout en bois de construction et l'aménagement en a été conçu dans les conditions les plus économiques. " Les travaux sont adjugés le 4 novembre 1886 à deux entrepreneurs de l'Ain, Désiré Simonnet (de Peyrieu, mais signalé aussi à Olargues, dans l'Hérault) et Louis Mignot (de Belley). Ils sont achevés le 20 octobre 1888. La ligne est ouverte à l'exploitation le 10 juillet 1889. Le 25 mars 1892, suite à une demande renouvelée de la commune de Saint-Lupicin, le ministre autorise le changement de dénomination de la gare, qui devient station de Lavans - Saint-Lupicin. Moins d'une dizaine d'années plus tard, la gare accueille une halte du chemin de fer à voie métrique (dit tramway ou " tacot ") Lons-le-Saunier - Saint-Claude, peut-être à l'origine de la mise en place d'un abri parapluie métallique face au bâtiment des voyageurs. Concédée le 2 août 1895 à la Compagnie générale des Chemins de Fer vicinaux (fondée en 1888), cette ligne longue de 70 km est l'oeuvre de l'ingénieur en chef des Ponts et Chaussées Barrand. Elle est inaugurée le 23 octobre 1898 mais le tronçon de Clairvaux-les-Lacs à Saint-Claude n'est ouvert à l'exploitation que le 15 décembre suivant. Lors de travaux d'amélioration des installations de la grande et de la petite vitesse, en 1926, le bâtiment des voyageurs est agrandi d'une travée en rez-de-chaussée à l'est, abritant la salle d'attente. A la fin de cette décennie ou durant les années 1930, un immeuble de 6 logements (dit " cité PLM ") est construit pour loger le personnel de la compagnie. L'équipement - essentiellement une grue type D 31 de 6 tonnes (qui sera démontée en 1975 ou 1978) - est complété par la mise en place d'une halle en bois pour le transbordement, d'un portique roulant en 1925 puis d'un pont-bascule de 40 tonnes trois ans plus tard (déposés). Rachetée par le Conseil général en 1946, la ligne du tramway de Lons-le-Saunier est fermée en 1948. Un nouvel entrepôt est construit vers 1960 à l'ouest de celui existant, à l'emplacement de l'ancienne halle de transbordement, par un marchand de charbon de Saint-Claude (société Aquistapace). La suppression de l'arrêt vers 1980 s'accompagne de la fermeture de la gare. L'abri parapluie est démoli en mai 1981 puis le quai qui le supportait en octobre 1989. Le bâtiment des voyageurs, vendu après 1992, sert d'habitation ; l'immeuble, cédé en 1979, tombe en ruine. Les entrepôts, désaffectés, ont été acquis par la commune et devraient être remplacés par un lotissement.