Un ouvrage fortifié est mentionné dès le 6e siècle, à Bracon. C'est le premier fort connu à protéger le commerce du sel. Au 10e siècle, un château est construit sur ses ruines. Détruit deux siècles plus tard, celui-ci est rebâti par une ordonnance de Philippe le Bon, duc de Bourgogne, et sert de résidence aux ducs, ainsi qu'à Marguerite d'Artois, fille de Philippe le Long. En ruine, les ingénieurs chargés par le roi Philippe II de réparer l'enceinte de la ville, veulent le raser afin que l'ennemi ne puisse pas se servir du site en cas d'attaque de la localité. A la veille de la guerre de Dix ans, le château est reconstruit par l'ingénieur Duchamp. Bien qu'en piètre état, le fort participe à la défense de Salins lors du siège de juin 1674, mené par les soldats français commandés par le duc de la Feuillade. Malgré sa résistance, il tombe aux mains des troupes royales le 20 juin.

Dès le 21 juin 1674 et la conquête de la ville, le roi confie à Vauban la restauration des forts et notamment celui de Bracon. L’ingénieur militaire projette d'y installer une lunette pour protéger la ville. Il fait raser les restes des vieilles fortifications et construire une redoute de terre renforcée par des maçonneries et entourée d'un fossé et d'un chemin couvert. Le 6 février 1679, Vauban écrit à Louvois pour l'informer que le fort est achevé et qu'"...il n'y reste à faire que quelques aplanissements de petites hauteurs et couverts qui l'approchent de trop près et nettoyer son glacis des grosses pierres et pierrailles sur sa superficie". La première garnison s'installe en 1688. Le fort est cité dans un mémoire portant sur les fortifications de la ville et des forts par M de Cormontaigne (1746), qui le décrit comme étant en piteux état. Délaissé et non entretenu, l’édifice sert néanmoins de prison durant la Révolution. Après l’invasion autrichienne, la direction du Génie à Besançon souhaite restaurer la lunette. Le site est délaissé après la Révolution. Malgré plusieurs projets au cours du 19e siècle, qui mettent en avant la nécessité de remettre la redoute en état, la lunette est abandonnée.

Actuellement ne subsiste qu'un mur de l'ancien rempart sur lequel une maison contemporaine a été construite.