Le moulin de l’Etang avait été construit en 1532, il est désaffecté au 19e siècle et transformé en ferme. Le bâtiment ainsi que son système d'approvisionnement en eau existaient encore lors de la réalisation du premier cadastre communal en 1837.

Un autre moulin se trouvait au nord du territoire de la commune, le moulin de Gy, installé sur la Morthe. Ce moulin a totalement disparu aujourd'hui.

A la fin du 19e siècle, le chemin de fer est vu comme un moyen de développer certaines activités de la commune : vente de bois, exploitation des carrières de Brûle-cul, commerce du vin, de céréales…

Les travaux de la ligne de tramways à voie métrique Gray-Gy-Bucey-les-Gy débutent donc en 1876 ; la ligne est ouverte en mai 1878, il s’agit de la première de Haute-Saône. Le concessionnaire et promoteur est Alfred Martin, né à Gy. La compagnie concessionnaire connait des difficultés et est liquidée en 1885 ; le département assure l’exploitation quelques temps puis la cède ensuite à la compagnie des chemins de fer vicinaux en 1887. Cette compagnie réalise un embranchement pour joindre Gy à la gare de Marnay en 1894.

Une laiterie était installée au nord de l'agglomération, au lieu dit "la Charmotte". Au début du 20e siècle, la Charmotte est acquise par Edmond Milleret, pépiniériste qui milite pour la restauration du vignoble. Il exploite la ferme de la Charmotte avec sa femme qui voit dans l’approvisionnement du bourg en lait une source de revenus. Petit à petit, l’activité augmente et une laiterie est créée. En 1925, Eugène Thorelle, fromager installé à Montrouge, près de Paris, achète la laiterie la Charmotte car il déplore la qualité fluctuante des produits qu’il vend. Il diversifie les produits en fonction de ses besoins : bries, camemberts… Ces fromages étaient commercialisés en région parisienne.

En 1938, la Charmotte est parmi les plus importantes laiteries du département (collecte de 2 millions de litres et jusqu’à 11 millions de litres en 1979). La zone de ramassage du lait s’étend sur toutes les communes de la région de Gy.

En 1969, la laiterie est mise en gérance et c’est la société des fromages savoyards qui en assure le fonctionnement. Elle ferme toutefois en 1983 après plus de 60 ans d’activité.