C'est en 1636 que les ravages de la guerre de dix ans (1634-1644) sévissent à Vougécourt, dévasté et laissé en ruine comme onze autres villages du canton. Sous l'ancien régime, le village est divisé entre la Champagne, la Lorraine et le comté de Bourgogne, seigneurie de Jonvelle, dont le roi de France devient seigneur en 1674. Il unit la partie comtoise à la Champagne qu'il donne à des seigneurs engagistes. En 1789 il s'agit du baron de Tricornot. Lors de la création révolutionnaire du département, les parties champenoises et lorraines sont intégrées au sein du district de Jussey, canton de Jonvelle.

Par décret du 21 décembre 1810, et suite à un don du baron de Tricornot à la commune, de maison et de dépendances, un établissement de religieuses de la Charité de Besançon est créé, dit maison des sœurs, (1, rue des canes) où exerceront et enseigneront des religieuses jusqu'en 1924. L'architecte Servas dessine les plans d'une maison d'école et mairie en 1852. (3 rue de la corvée) Le presbytère est acquis par la commune en 1812. Plusieurs maisons portent des inscriptions de fondation et de bénédiction, datées du 18ème (exemple : actuelle mairie et maison 7 rue des marronniers fondée par mademoiselle Françoise de Tricornot (1788 ou 1778 : elle est née en 1777), maison 28 rue des marronniers (1721) et de la première moitié du 19ème siècle. Une varlope figure sur le linteau de la maison 8 rue des Vosges.

Le cimetière est transporté hors du village et béni en 1853 (devis de l'architecte Servas pour un montant de 4273.60f). Le village reçoit la croix de guerre 1939-1945.