Propriété du seigneur de Branges sous l'ancien Régime, le moulin est lié au château de Branges, situé juste à côté et détruit en 1478. Vendu comme "bien national" en 1793, il est acheté par Jean-Pierre Germain, futur directeur de la Banque de France et Nicolas Coindre, issu également des milieux financiers. La famille Germain possède l'ensemble en 1811. C'est le seul des importants moulins du Louhannais qui échappe aux notables locaux pour rester propriété d'une riche famille parisienne. Sous la Restauration, il est composé de 6 moulins à grains, une rabatte, un foulon et une huilerie. L'ensemble est vendu en 1841 à un modeste bressan de l'Ain, Joseph Bernigaud, meunier à Sermoyer et son épouse. En 1851, suite à des difficultés financières, le moulin est aliéné au profit d'un boucher de Lyon, Jean-Antoine Plumet, gendre du vendeur. En 1860, le moulin est revendu à Claude-Philibert Bernigaud. En 1899, Paul, Léon et Henri Bernigaud fondent une Société en nom collectif : les fils de Philibert Bernigaud "pour la mouture et le commerce des grains". L'entreprise connaît une longue prospérité. Des maisons de type villas balnéaires sont construites pour leur compte dans la ville. En 1965, un immense incendie ravage le bâtiment central de la minoterie dont seules les dépendances sont épargnées. Un projet de reconversion en générateur électrique voit le jour dans les années 1980. Des travaux sont entrepris pour installer la turbine. Depuis 1990, une société est créée pour négocier avec EDF le rachat de l'énergie produite.