Fondé entre le 10e et le 12e siècle, le moulin est mentionné pour la première fois en 1323 dans un document, un certain Girard de Bouffeal est propriétaire. Un texte de 1658 indique qu'il possède 3 roues dont l'une pour un battoir. Il est refait à neuf en 1686 d'après un acte notarial. En 1702, il possède 4 paires de meules. Dans un acte de vente de 1710, le moulin est composé de 3 étages abritant un foulon d'un côté avec un tournant et de l'autre 3 tournants (3 paires de meules) : il s'agit donc de 2 moulins. Il est couvert en paille. Il est totalement détruit en 1727 par un incendie, plusieurs bâtiments sont construits à sa place : un moulin de la Foule de l'autre côté de la Seille et 3 moulins du côté de la ville. Ils sont à plusieurs reprises détruits par des billes de bois engagées dans les roues. Fin 18e siècle, on creuse le canal de déchargeoir et on élargit le lit du déversoir pour installer des meules supplémentaires. C'est alors l'une des plus grandes installations de Bresse. Mi 19e, on installe un moulin à vapeur pour la farine fine vendue sur la ville de Lyon, ainsi qu'une scierie. Vers 1870, les roues sont remplacées par des turbines en fonte. En 1885, on compte 10 paires de meules et un battoir à chanvre. En 1905, le battoir s'arrête. En 1920, 7 paires de meules, 3 broyeurs et 2 convertisseurs tournent jusqu'au début des années 1990. Racheté par la société "les grandes Minoteries dijonnaises", il n'utilise plus la force hydraulique. L'activité s'arrête à la fin des années 1990. Les installations sont vendues et démantelées pour partir en ex-Europe de l'est. En septembre 2003, une centrale électrique de 250kw/h y est installée. Pour 30 ans, une clause interdit toute installation pour mouture de céréales pour la consommation humaine et tout négoce de farine.