La prise d'eau de Germigny était préalablement située en aval de l'écluse 106-107, dans le bief 108. Elle se composait d'un barrage en bois et métal sur le cours de l'Armançon. Une pile de section ovale en maçonnerie placée en travers de la rivière permettait de récupérer les eaux nécessaires au canal dans un bassin rectangulaire maçonné, perpendiculaire au canal. Les eaux se déversaient dans le canal par un aqueduc aménagé sous le chemin de halage. Cet agencement, dont les maçonneries sont encore visibles, est mentionné sur un plan du linéaire du canal des années 1860 (VNF-direction territoriale Centre-Bourgogne, subdivision de Tonnerre). Il est annoté "ancienne prise d'eau de Germigny". Les nouvelles dispositions sont indiquées au crayon.